Sông bắt đầu từ ngã ba nơi giao với kênh Đôi và sông Cần Giuộc, chảy qua huyện Bình Chánh (Thành phố Hồ Chí Minh) và huyện Bến Lức (tỉnh Long An) rồi thông với sông Vàm Cỏ Đông tại thị trấn Bến Lức. Đoạn sông thuộc địa phận Thành phố Hồ Chí Minh được gọi là sông Chợ Đệm còn đoạn thuộc tỉnh Long An được gọi là sông Bến Lức.