Sau khi tốt nghiệp khoa ngữ văn của Đại học Tổng hợp Hà Nội năm 1959, ông trở về công tác tại Viện Văn học từ những ngày đầu tiên Viện chính thức tách ra từ Ban nghiên cứu Văn, Sử Địa và mang tên như ngày nay. Ông lần lượt trải qua các chức vụ: biên tập viên tòa soạn Tạp chí Văn học của Viện (1960); Nghiên cứu viên, trưởng phòng Phòng văn học Việt Nam hiện đại (1965-1987); Ủy viên Hội đồng khoa học Viện Văn học (từ 1968); Viện trưởng Viện Văn học kiêm Tổng biên tập Tạp chí Nghiên cứu Văn học, Nghiên cứu viên cao cấp, Ủy viên Hội đồng khoa học Viện Khoa học Xã hội Việt Nam (1988-1995).
Tác phẩm đã xuất bản
Phong Lê đã viết riêng và chủ biên khoảng 30 công trình lý luận và nghiên cứu về văn học Việt Nam thế kỷ 20, trong đó đáng chú ý là những công trình:
Cách mạng, kháng chiến và đời sống văn học 1945-1954, 3 tập (1987-1995)
Nghĩ tiếp về Nam Cao (1992).
Nguyễn Ái Quốc - Hồ Chí Minh - Tư tưởng và sự nghiệp văn học (Viết chung với GS Hà Minh Đức, GS Nguyễn Đăng Mạnh; Nhà xuất bản Lý luận chính trị xuất bản năm 2005)
Giải thưởng
Ông được giải thưởng Nhà nước về Khoa học và Công nghệ năm 2005.