Khmer Tự do có nguồn gốc từ nhóm vũ trang Issarak (nghĩa là ủng hộ độc lập) hoạt động bên trong biên giới Campuchia trong thời Pháp thuộc sau này. Sơn Ngọc Thành có một thời gian ngắn giữ chức Thủ tướng vào thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng Campuchia trong chiến tranh thế giới thứ 2 rồi sau khi Pháp quay trở lại Đông Dương với sự giúp đỡ của Anh vào tháng 9 năm 1945, Thành đã bị Pháp bắt giữ kết án tử hình về các tội ác và phản bội nhưng đã được Sihanouk giải thoát, sống lưu vong ở nước ngoài. Nhiều lần cố gắng giành quyền lãnh đạo phong trào Issarak nhưng đều không mấy thành công.
Sau khi Campuchia giành được độc lập vào năm 1954 dưới thời vua Norodom Sihanouk, Thành đã tổ chức một lực lượng không chính quy mang tên Khmer Tự do nhằm duy trì một cuộc đấu tranh vũ trang chống lại Sihanouk. Hoạt động của Khmer tự do chủ yếu là ở các căn cứ trên biên giới Thái Lan và Việt Nam, tuyển mộ phần lớn dân tộc thiểu số Khmer Krom trên đồng bằng sông Cửu Long và thực hiện chương trình phát thanh bí mật chống Sihanouk. Mặc dù các quan sát viên coi hoạt động của Khmer Tự do như là một phiền toái hơn là một mối đe dọa chế độ Campuchia lúc đó. Có một thời gian Sihanouk đã xử tử nhiều nhất là 1000 quân Khmer Serei khả nghi trong suốt thời gian cai trị của ông.[1]
Khmer Tự do được chính quyền Ngô Đình Diệm trợ giúp gầy dựng từ năm 1959, chủ yếu tuyển lựa từ người Việt gốc Khmer ở các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long có nhiều người Khmer thiểu số như Sóc Trăng, Trà Vinh... Khmer Tự do tổ chức thành các phân đội, cao nhất là cấp tiểu đoàn. Mục tiêu của Khmer Tự do là lật đổ chính phủ Norodom Sihanouk, thành lập một chính quyền thân Mỹ và Sài Gòn vì cho rằng:Norodom Sihanouk là một Quốc trưởng "không xứng đáng, bê tha truỵ lạc, tham nhũng, phản bội Tổ quốc, tay sai của thực dân Pháp" và chế độ quân chủ của ông:" lạc hậu, áp bức, độc đoán, tham nhũng, ngu dân [2].
Vụ bắt giữ và xử tử Preap In năm 1963, một nhà hoạt động Khmer Tự do, người đã đề nghị đi đến Quốc hội để đàm phán trực tiếp với Sihanouk, là một ví dụ nổi bật của sự đàn áp Khmer Tự do của đảng Sangkum. Việc xử tử In, cựu thành viên của Đảng Dân chủ, được quay và chiếu ở tất cả các rạp chiếu phim trong một tháng, một sự kiện vẫn còn đọng lại trong ký ức của những người Campuchia suốt nhiều năm qua.[3]
Quan hệ với Khmer Kampuchea Krom
Khmer Tự do có liên kết lỏng lẻo với lực lượng dân quânFront de Lutte du Kampuchea Krom do Mỹ hậu thuẫn hoặc "Khăn rằn trắng" (tiếng Khmer: Kangsaing Sar, tiếng Việt gọi là Khăn rằn) tại miền Nam Việt Nam. Nhóm người này ban đầu được thành lập bởi một nhà sư Khmer Krom tên là Samouk Sen, tìm kiếm sự độc lập cho Khmer Krom và thường xuyên đụng độ với Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, tổ chức được mở rộng trong những năm 1960 và sau này trở thành liên kết với FULRO, một tổ chức bán quân sự cho các nhóm dân tộc thiểu số Việt Nam. Thành viên của cả hai nhóm Khmer Kampuchea Krom và Khmer Serei đều được người Mỹ huấn luyện cho các hoạt động bí mật trong cuộc chiến tranh Đông Dương lần thứ hai như là một phần của lực lượng biệt kích cơ động (MIKE Force) và được CIA tài trợ một phần trang thiết bị.[4] Khmer Tự do và các lực lượng liên quan đạt đến đỉnh điểm khi có tổng quân số lên đến 8000 người vào năm 1968.[5]
Sau cuộc đảo chính năm 1970 của Tướng Lon Nol, thủ lĩnh Sơn Ngọc Thành trở thành bộ trưởng chính phủ, các thành viên của lực lượng dân quân Khmer Tự do và Khmer Kampuchea Krom có một số đã thâm nhập vào quân đội Campuchia trước khi cuộc đảo chính xảy ra, còn lại đều lần lượt xuất hiện trên đường phố thủ đô Phnom Penh biểu thị sự ủng hộ chính phủ mới. Tuy nhiên, do một phần tình hình quân sự ngày càng xấu dần và phần Lon Nol nghi ngờ sức mạnh của lực lượng được huấn luyện chu đáo có thể lợi dụng để chống lại ông, vì vậy ông đã cố ý ném họ vào những trận chiến vắt kiệt sức nhất và phần lớn đều bị tan vỡ trước sự khốc liệt ngày càng gia tăng giữa hai bên của cuộc nội chiến Campuchia đẫm máu này.[6]
Sơn Ngọc Thành bị sa thải khỏi nội các Lon Nol vào năm 1972 và sống lưu vong tại Nam Việt Nam cho tới khi ông bị bắt giam sau biến cố ngày 30 tháng 4 năm 1975 khi quân Giải phóng tiến vào Sài Gòn báo hiệu sự sụp đổ của Việt Nam Cộng hòa; tàn quân Khmer Tự do ở Nam Việt Nam hầu hết đều bị quân giải phóng Bắc Việt tiêu diệt trong khi số còn lại ở bên Campuchia thì bị Khmer Đỏ truy kích dữ dội sau khi lật đổ chế độ Lon Nol đã dẫn đến sự tan rã của tổ chức này.Hiện tại tổ chức này đang dần dần xuất hiện trở lại trên các trang Facebook với tên Khmer Kampuchea Krom và bắt đầu kêu gọi người dân Campuchia đấu tranh, đòi lại vùng Đông Nam Bộ của Việt Nam thành một phần lãnh thổ của Campuchia.
Sau năm 1975
Sau chiến thắng năm 1975 của Khmer Đỏ và lời tuyên bố thành lập Campuchia Dân chủ, số ít Khmer Tự do còn lại vẫn hoạt động tại phía tây bắc trong khu vực dãy núi Dangrek, được tìm thấy chủ yếu ở các trại tị nạn dọc biên giới Thái Lan-Campuchia, chẳng hạn như Nong Chan và Nong Samet. Son Sann còn sử dụng một số cựu thành viên ủng hộ Khmer Tự do như là cơ sở của phong trào KPNLF được hình thành vào năm 1979.[7] Chẳng bao lâu sau đó, Thành mất trong nhà tù ở Việt Nam vào năm 1977.