Musketeer nhập biên chế vào ngày 9 tháng 9 năm 1942 và gia nhập Hạm đội Nhà trong thành phần Chi hạm đội Khu trục 3, làm nhiệm vụ bảo vệ Bắc Hải và Khu vực Tiếp cận Tây Bắc. Vào tháng 11, nó chuyển sang làm nhiệm vụ cùng các Đoàn tàu Vận tải Bắc Cực đi Liên Xô, bảo vệ các tàu buôn vận chuyển hàng tiếp liệu sống còn sang Nga để chống lại Đức Quốc xã. Đây là vai trò mà chiếc tàu khu trục đã đảm nhiệm trong phần lớn thời gian chiến tranh, ngoại trừ một giai đoạn từ tháng 5 đến tháng 9 năm 1943, sau một đợt tái trang bị, nó lại phục vụ cùng Hạm đội Nhà bảo vệ Khu vực Tiếp cận phía Tây.
Vào ngày 27 tháng 9 năm 1943, Musketeer tham gia nhiệm vụ hỗ trợ cho Không quân Hoàng gia Anh để vô hiệu hóa thiết giáp hạm Đức Tirpitz, khi nó giúp vận chuyển nhân sự của không quân từ quần đảo Faroe đến Murmansk, vốn là căn cứ của các phi vụ trinh sát đến địa điểm thả neo của Tirpitz ở Altafjord, Na Uy. Các chuyến bay này được sử dụng để lập kế hoạch không kích nhắm vào chiếc tàu chiến đối phương. Vào ngày 25 tháng 2 năm 1944, Musketeer mắc tai nạn va chạm với chiếc tàu khu trục Ba LanORP Blyskawica, buộc phải tách khỏi nhiệm vụ hộ tống vận tải để được sửa chữa tại xưởng tàu của hãng Brigham and Cowan ở Hull. Việc sửa chữa hoàn tất vào cuối tháng 3 năm 1944, và sang đầu tháng 4, nó quay trở lại hoạt động cùng các Đoàn tàu Vận tải Bắc Cực.
Colledge, J. J.; Warlow, Ben (1969). Ships of the Royal Navy: the complete record of all fighting ships of the Royal Navy (Rev. ed.). London: Chatham. ISBN978-1-86176-281-8. OCLC67375475.
Friedman, Norman (2006). British Destroyers & Frigates: The Second World War and After. Annapolis, Maryland: Naval Institute Press. ISBN1-86176-137-6.
Hodges, Peter; Friedman, Norman (1979). Destroyer Weapons of World War 2. Conway Maritime Press. ISBN9780851771373.
Lenton, H. T. (1998). British & Commonwealth Warships of the Second World War. Annapolis, Maryland: Naval Institute Press. ISBN1-55750-048-7.
