Tại vòng loại, các đội ở mỗi bảng sẽ thi đấu vòng tròn hai lượt đi và về để tính điểm xếp hạng, chọn 3 đội dẫn đầu mỗi bảng và 1 đội xếp thứ nhì có thành tích tốt nhất tại 3 bảng vào thi đấu tại Vòng chung kết.
4 đội giành quyền vào Vòng chung kết sẽ được bắt cặp thi đấu loại trực tiếp, hai đội thắng sẽ thi đấu trận chung kết. Điểm đáng chú ý, mùa giải hạng Nhì năm nay sẽ không có đội xuống hạng, hai đội xếp nhất, nhì toàn giải sẽ được quyền thi đấu tại giải Hạng Nhất Quốc gia 2008.
Do tại vòng loại, bảng B có 6 đội nên để đảm bảo tính công bằng trong việc xác định đội nhì bảng có thành tích tốt nhất tại mỗi bảng, BTC sẽ không tính kết quả 2 trận lượt đi và về giữa đội xếp thứ nhì bảng B và đội xếp thứ sáu của bảng đấu này.[3]
16 đội bóng được chia làm ba bảng theo khu vực địa lý, tách 2 đội hạng Nhất mùa giải 2006 vào 2 bảng, cụ thể như sau:
Bảng A, gồm 5 đội gần khu vực phía Bắc: Hà Tĩnh, Dược Phẩm Cần Giờ, Quang Minh DEC, Sara Thành Vinh và T&T Hà Nội.
Bảng B, gồm 6 đội gần khu vực miền Trung - Cao nguyên - miền Đông - TP HCM: Bình Thuận, ĐakLak, Lâm Đồng, Ngói Đồng Tâm Long An, Quân khu 7 và Thành Long.
Bảng C, gồm 5 đội khu vực miền Tây Nam bộ: Bến Tre, Cà Mau, CLB Thành phố Hồ Chí Minh, Ngân hàng Kiên Long Kiên Giang và Vĩnh Long.
