18 đội bóng đã đăng ký tham dự mùa giải lần này từ vòng loại. Các đội bóng được sắp xếp sẵn vào các bảng đấu dựa theo khu vực địa lý. Những đội bóng đóng vai trò là chủ nhà của bảng đấu vòng loại được ký hiệu bởi (H).
Bảng A: Hà Nội, Nam Định, Quảng Ninh, Viettel (H).
Bảng B: Bình Định, Khánh Hòa, Đắk Lắk và Sông Lam Nghệ An (H).
Bảng C: Becamex Bình Dương, Bình Phước, Đồng Nai, Đồng Tháp và Hoàng Anh Gia Lai (H).
Bảng D: An Giang, Bến Tre, Long An (H), Tiền Giang, TP.Hồ Chí Minh.
Vòng loại diễn ra từ ngày 1 đến ngày 11 tháng 8 năm 2018 với bốn bảng đấu chia theo khu vực địa lý. Các đội bóng ở mỗi bảng thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm, chọn 4 đội nhất bảng và 3 đội nhì bảng có thành tích tốt nhất tham dự vòng chung kết.[3][4]
Ba đội xếp thứ nhì có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền tham dự vòng chung kết. Do các bảng đấu có số đội khác nhau nên kết quả giữa đội xếp thứ nhì với đội xếp thứ năm không đựoc tính khi xét thứ hạng này.
Các cầu thủ từ 16 đến 21 tuổi (sinh từ ngày 1 tháng 1 năm 1997 đến ngày 31 tháng 12 năm 2002) có đủ điều kiện để tham dự giải đấu. Mỗi đội bóng phải đăng ký một danh sách gồm tối đa 30 cầu thủ, trong đó có tối thiểu 2 thủ môn (Quy định mục 4.2 và 5.2).[1]
Vòng bảng
Hai đội bóng đứng đầu mỗi bảng lọt vào vòng bán kết. Lễ bốc thăm chia bảng đã diễn ra vào lúc 10:00 ngày 6 tháng 11 năm 2018 tại khách sạn Duy Tân, thành phố Huế.[10]
Các tiêu chí xếp hạng
Các đội được xếp hạng theo điểm (3 điểm cho 1 trận thắng, 1 điểm cho 1 trận hòa và 0 điểm cho 1 trận thua), và nếu bằng điểm, các tiêu chí sau đây sẽ được áp dụng theo thứ tự, để xác định thứ hạng:[1]
Điểm trong các trận đối đầu trực tiếp giữa các đội bằng điểm;
Số bàn thắng ghi được trong các trận đối đầu trực tiếp giữa các đội bằng điểm;
Nếu có nhiều hơn hai đội bằng điểm, và sau khi áp dụng tất cả các tiêu chí đối đầu ở trên, một nhóm nhỏ các đội vẫn còn bằng điểm nhau, tất cả các tiêu chí đối đầu ở trên được áp dụng lại cho riêng nhóm này;
Hiệu số bàn thắng thua trong tất cả các trận đấu bảng;
Số bàn thắng ghi được trong tất cả các trận đấu bảng;
Sút luân lưu nếu chỉ có hai đội bằng nhau và còn thi đấu trên sân;
Đội hình tiêu biểu của giải đấu, do ban tổ chức bình chọn, là đội hình gồm những cầu thủ thi đấu ấn tượng nhất tại các vị trí được chọn lựa trong giải đấu.[12]