Chiếc tàu tuần dương thứ ba mang tên Emden được đặt hàng vào năm 1921. Tuy nhiên công việc chế tạo bị trì hoãn, thoạt tiên là do sự phản đối của Đồng Minh đối với thiết kế, và sau đó là do tình trạng lạm phát và suy thoái của nước Đức vào năm 1923. Thiết kế ban đầu dự định trang tám khẩu pháo 6 inch (152 mm) trên bốn tháp pháo nòng đôi, cho phép Emden trở thành một tàu tuần dương tiên tiến vào thời đó. Tuy nhiên Hiệp ước Versailles cấm nước Đức phát triển loại vũ khí mới, bao gồm tháp pháo mới. Giống như hầu hết hải quân các nước, Hải quân Đức chưa bao giờ áp dụng tháp pháo nòng đôi cho cỡ pháo nhỏ; mọi thiết kế trước đây đều là cỡ pháo 8 inch hay lớn hơn, nên quá lớn đối với một tàu tuần dương tải trọng 6.000 tấn như Hiệp ước cho phép. Điều này đã buộc phải thiết kế lại con tàu, với các khẩu pháo được đặt trên 8 tháp pháo nòng đơn kém hiệu quả, khiến cho Emden trông rất giống với những tàu chiến tiền nhiệm thời Thế Chiến I.
Cuối cùng con tàu cũng được hạ thủy vào ngày 6 tháng 1 năm 1925; và được đưa ra hoạt động vào ngày 15 tháng 10 năm 1925.
Emden trải qua suốt thời gian còn lại của chiến tranh tại biển Baltic, hầu hết là cho nhiệm vụ huấn luyện. Từ tháng 1 năm 1945, nó giúp vào việc triệt thoái binh lính và thường dân từ Đông Phổ đến miền Bắc nước Đức và Đan Mạch. Trên một chuyến đi như vậy, nó đã đưa về nước thi hài của cựu Tổng thống Cộng hòa Đức Paul von Hindenburg và phu nhân. Trong đêm 9-10 tháng 4 năm 1945, Emden bị hư hại nặng bởi một cuộc không kích xuống Kiel. Bị nghiêng 15°, nó được cho kéo đến Heikendorfer Bucht và cho mắc cạn tại đây vào ngày 14 tháng 4. Emden được cho ngừng hoạt động vào ngày 26 tháng 4 năm 1945, cho đánh đắm vào ngày 3 tháng 5, rồi được tháo dỡ sau chiến tranh.
Văn hóa đại chúng
Trong một thời gian, Emden được chỉ huy bởi Karl Dönitz cho đến khi ông được thăng lên Đại tá Hải quân và chuyển sang Chi hạm đội U-boat 1 vào năm 1935. Sau này ông đã nhắc lại những chuyến đi cùng với nó trong quyển tự truyện Memoirs: Ten Years and Twenty Days.