Hiệp ước München năm 1938 được ký kết cho phép Đức Quốc Xã lấy vùng Sudetenland có đồng người Đức sinh sống, kéo theo đó là việc để mất một số vùng lãnh thổ vào tay Ba Lan và Hungary. Từ ngày 1 hay 6/7tháng 10 năm 1939 (thời gian Chính phủ vùng lãnh thổ Slovak nắm quyền điều hành tỉnh Slovak trên thực tế), cho đến khi Đức thành lập vùng bảo hộ Böhmen và Morava ngày 15 tháng 3 năm 1939, tức thời gian mà chính phủ của Đệ Nhị Cộng hòa Tiệp Khắc thì các tỉnh này vẫn tiếp tục nằm dưới quyền điều hành của chính phủ Tiệp Khắc. Sau khi vùng bảo hộ được thành lập, các tỉnh này vẫn tiếp tục duy trì trên lý thuyết, tuy nhiên thì chúng không còn là những tỉnh tự trị nữa.
Chức chủ tịch của các tỉnh tự trị của Tiệp Khắc trước năm 1939 chỉ có quyền ban hành luật và quy định theo sự chỉ đạo của chính quyền trung ương
Sau khi Đức xâm chiếm và tuyên bố thành lập xứ bảo hộ vào ngày 16 tháng 3 năm 1939, tất cả các đảng phái hoạt động trong khu vực lãnh thổ này đều bị đặt ngoài vòng pháp luật. Chỉ riêng có đảng Cộng tác Dân tộc (tiếng Séc: Národní souručenství) là được người Đức cho phép hoạt động sau khi đảng này tuyên bố thành lập vào ngày 6 tháng 4 năm 1939 trên cơ sở hợp nhất giữa hai chính đảng cũ là Đảng Thống nhất Dân tộc và Đảng Lao động Dân tộc. Chính phủ vùng bảo hộ chính thức sụp đổ sau sự kiện Liên Xô chiếm Praha vào ngày 8 và 9 tháng 8 năm 1945.
Năm 1968, trong sự kiện được gọi là "Mùa xuân Praha", Alexander Dubček tiến hành một số cải cách nhằm cải tổ nhà nước Xã hội Chủ nghĩa Tiệp Khắc, trong đó có quá trình phân chia nhà nước Tiệp Khắc thống nhất thành hai nhà nước là Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Séc và Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Slovak nằm trong một liên bang của nhà nước Xã hội Chủ nghĩa Tiệp Khắc thống nhất. Các chính phủ cũng như mặt trận Dân tộc theo đó cũng được phân chia riêng theo hai nhà nước này. Đối với Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Séc, Hội đồng Dân tộc Séc được thành lập sau khi Luật Hiến pháp Liên bang có hiệp lực từ ngày 1 tháng 1 năm 1969 (sau khi phê chuẩn ngày 27 tháng 10 năm 1968). Sau đó, việc tổ chức lại chính phủ được hoàn tất thông qua Đạo luật số 2/1969 với tiêu đề "Về sự thành lâp nội các và các cơ quan trung ương quản lý nhà nước của Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Séc", quy định thành phần, phạm vi cũng như quyền hạn của nội các.