Lễ bốc thăm được tiến hành bởi Hiệp hội Bóng đá Estonia vào ngày 26 tháng 5 năm 2012, trước trận chung kết mùa giải 2011–12.[2] FC Helios là đội duy nhất tham gia đến từ Rahvaliiga (RL) — một giải đấu được tổ chức bởi Hiệp hội Bóng đá Estonia, nhưng không thuộc hệ thống giải chính.
Ghi chú 4: Kohtla-Järve FC Lootus giành chiến thắng với tỉ số 4–1, nhưng đã sử dụng một cầu thủ không hợp lệ. Vì vậy phần thắng được dành cho FC Puuma với tỉ số -:1.[3]
Đội miễn đấu
Các đội bóng sau không được bốc thăm và được tham gia vòng 2 mà không cần thi đấu:
Lễ bốc thăm diễn ra vào ngày 28 tháng 2 năm 2013, vào lúc khởi đầu mùa giải mới. Tammeka được miễn đấu và vào bán kết vì đội bóng còn lại, Viljandi, đã giải thể sau mùa giải 2012.[9]
^“Loositi karikavõistluste poolfinaalpaarid” [Semi-final pairs were drawn] (bằng tiếng Estonia). Estonian Football Association. ngày 18 tháng 4 năm 2013. Truy cập ngày 18 tháng 4 năm 2013.