AFC Cup 2009 là phiên bản thứ sáu của AFC Cup, diễn ra giữa các câu lạc bộ từ các quốc gia là thành viên của Liên đoàn bóng đá châu Á.
Với việc Liên đoàn bóng đá châu Á đã xem xét thể thức của AFC Champions League và thực hiện những thay đổi quan trọng trong cách thi đấu, các đội đủ điều kiện tham dự Cúp AFC cũng đến từ các quốc gia khác so với các phiên bản trước.
Al-Majd bị cáo buộc đưa một cầu thủ không đủ điều kiện (Khaled Mansoor Al Baba) trong bốn trận đấu (với Al-Faisaly (JOR) vào ngày 07.04.2009 và 21.04.2009; với Dempo SC (IND) vào ngày 05.05.2009 và với Muharraq (BHR) vào ngày 19.05.2009) của AFC Cup. Tất cả các trận đấu này đã được xử thắng 3-0 cho các đối thủ của Al-Majd và câu lạc bộ đã bị phạt 4000 USD cho mỗi trận đấu. The player was ineligible because he was registered by the club outside the recognized window(s) for registration as provided for by FIFA and AFC.[2] Các án phạt dành cho Al-Majd sau đó được rút lại sau khi họ kháng cáo thành công.[3]
Lễ bốc thăm vòng 16 đội diễn ra vào ngày 12 tháng 1 năm 2009, cùng với lễ bốc thăm vòng bảng. Các trận đấu khu vực Tây Á diễn ra vào ngày 26 tháng 5, trong khi các trận đấu khu vực Đông Á diễn ra vào ngày 23 tháng 6.
Lễ bốc thăm vòng tứ kết và các vòng đấu loại trực tiếp diễn ra tại Kuala Lumpur, Malaysia vào ngày 29 tháng 6 năm 2009 vào 7:30 pm. Các trận lượt đi diễn ra vào ngày 15 tháng 9, và các trận lượt về diễn ra vào ngày 30 tháng 9.