Sau năm 1975, Tổng Nha Thương Cảng mang tên mới là Cảng Sài Gòn, Ban lãnh đạo Cảng trong tình hình bề bộn vẫn quan tâm đến đời sống tinh thần của cán bộ, công nhân viên. Anh Nguyễn Thành Sự, vốn là cựu cầu thủ đang làm việc tại Cảng, được giao nhiệm vụ thành lập lại đội bóng đá của Tổng Nha. Ngày 1 tháng 11 năm 1975, Đội bóng đá công nhân Cảng Sài Gòn chính thức được thành lập. Do các cầu thủ đều là tuyển thủ trước năm 1975 nên đội đã nhanh chóng khẳng định được vị thế của mình trong bản đồ bóng đá khu vực phía Nam và trong một thời gian dài, cùng với đội Hải Quan là hai đội bóng mạnh nhất miền Nam lúc bấy giờ và là kỳ phùng địch thủ của nhau.
Giải đấu đầu tiên mà đội chính thức tham gia là Giải Cửu Long tổ chức năm 1976. Dưới sự chỉ đạo của huấn luyện viênNguyễn Thành Sự, đội ngay lập tức giành ngôi Á quân ở giải bóng đá đầu tiên gồm các đội bóng của các tỉnh phía Nam và Thành phố Hồ Chí Minh sau ngày thống nhất. Trong những năm đầu, đội thường sử dụng chiến thuật 4-2-4 với lối đá nhỏ, nhuyễn, hiệu quả, giành được chức vô địch giải A1 thành phố Hồ Chí Minh trong hai năm liên tiếp 1978-1979.
Năm 1980, đội là một trong 10 đại diện cho bóng đá miền Nam được chọn tham dự Giải bóng đá A1 toàn quốc lần thứ I năm 1980 - giải vô địch bóng đá đầu tiên của Việt Nam. Tuy nhiên, do các cầu thủ chủ lực của đội đều đã dần qua thời đỉnh cao phong độ, cùng với sự vượt trội về yếu tố thể lực và ý thức chiến thuật phù hợp, công thủ toàn diện của các đội bóng của các tỉnh phía Bắc khiến đội tuy là đương kim vô địch thành phố Hồ Chí Minh nhưng chỉ xếp hạng 6 chung cuộc tại giải toàn quốc. Lối chơi của đội vì vậy cùng dần hiện đại hóa và chuyển sang sơ đồ 4-3-3. Cuối mùa giải năm đó, danh thủ Phạm Huỳnh Tam Lang nghỉ thi đấu và được cử đi học tại Cộng hòa Dân chủ Đức.
Những năm sau, đội đang trong giai đoạn xây dựng lại lực lượng, mọi việc được đẩy nhanh hơn khi cựu trung vệ Phạm Huỳnh Tam Lang về nước năm 1983 và được đặt vào vị trí huấn luyện viên trưởng. Mọi hoạt động của đội bóng được chấn chỉnh lại. Đến năm 1984, đội lại được bổ sung một lứa cầu thủ trẻ triển vọng từ trường nghiệp vụ năng khiếu và một vài đội bóng khác là các tiền đạoĐặng Trần Chỉnh, Hà Vương Ngầu Nại; các tiền vệ Nguyễn Hoàng Châu, Phạm Văn Tám, Nguyễn Thanh Tùng, các hậu vệ Võ Hoàng Tân, Hồ Văn Tam, Vương Diệu Thành. Trong năm đó đội đóng góp hai tiền đạo Phan Hữu Phát và Đặng Trần Chỉnh cho đội tuyển Việt Nam tham dự giải SKDA 1984.
Với những sự bổ sung này, đội dần thay máu và trình diễn một diện mạo mới. Sang mùa giải năm 1985, lão tướng "nhạc trưởng" Dương Văn Thà vẫn có tên trong danh sách thi đấu, song chỉ được tung vào sân như lực lượng dự trữ chiến lược trong những thời điểm quyết định. Lối chơi từ sơ đồ chiến thuật 4-3-3, đã chuyển dần sang 1-3-4-2, 1-2-4-3 rồi 1-2-5-2. Với những chuyển biến này, huấn luyện viên Phạm Huỳnh Tam Lang đã dẫn dắt đội tới danh hiệu vô địch quốc gia đầu tiên của mình vào năm 1986.
Mùa giải năm 1987, đội được bổ sung lứa cầu thủ sẽ làm trụ cột cho đội trong thập niên 1990 như các tiền vệ Võ Hoàng Bửu, Lư Đình Tuấn và thủ môn Nguyễn Hồng Phẩm. Đến năm 1988, Hồng Phẩm chính thức bắt chính cho đội thay cho thủ môn kỳ cựu Lưu Kim Hoàng. Năm 1990 đến lượt Hồ Văn Lợi gia nhập đội. Tiền đạo Hà Vương Ngầu Nại cũng đoạt danh hiệu vua phá lưới Giải vô địch quốc gia năm 1989. Tuy đến, đến khi kết thúc nền bóng đá bao cấp cuối năm 1990, đội vẫn chưa giành được thêm danh hiệu nào ngoài chức vô địch năm 1986.
Giai đoạn 1990-2001
Cuối thập niên 1980, đầu thập niên 1990, khi cơ chế bao cấp bị xóa bỏ, hàng loạt đội bóng phía Bắc hoặc bị xóa sổ hoặc không còn ánh hào quang xưa, thì các đội bóng của Thành phố Hồ Chí Minh, với khẩu hiệu "Đi trước, về trước", thoáng hơn, dám nghĩ, dám làm, đã nhanh chóng thích nghi với môi trường mới và có một số bước tiến nhất định so với các đội kình địch cũ. Ba đội bóng của Thành phố là Hải Quan, Công an Thành phố Hồ Chí Minh và Cảng Sài Gòn trong khoảng thời gian này thay nhau giành được 5 trong tổng số 7 chức vô địch quốc gia đầu tiên của thập niên 1990.
Sau khi giải vô địch bóng đá chuyên nghiệp quốc gia (V-League )được thành lập, đội cũng chuyển sang mô hình chuyên nghiệp từ ngày 1 tháng 11 năm 2001 với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Cảng Sài Gòn và giành thêm được một danh hiệu quán quân vào mùa giải 2001-2002.[2] Mặc dù vậy, nhiều ý kiến cho rằng chức vô địch thực ra cũng không bộc lộ về một sức mạnh đích thực, mà chỉ là kết quả của quá trình quá độ của nền bóng đá Việt Nam, khi các đội bóng đùn đẩy nhau chiếc cúp, để rồi sau đó mới chứng kiến sự xuất hiện của xu thế mới: bóng đá doanh nghiệp.. Điều này khiến Cảng Sài Gòn là đội hy hữu bị xuống hạng ở ngay mùa giải tiếp theo khi đang là nhà đương kim vô địch.
Ngày 28 tháng 8 năm 2003, Công ty Cổ phần Bóng đá Thép Miền Nam - Cảng Sài Gòn được thành lập với 3 cổ đông chính là Công ty Thép Miền Nam (72%), Cảng Sài Gòn (25%), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thế Anh (3%), và chính thức trở thành đơn vị chủ quản câu lạc bộ. Mùa bóng 2004, câu lạc bộ đăng ký thi đấu với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Thép Miền Nam - Cảng Sài Gòn, sau đó giành được ngôi vô địch cùng với suất thăng hạng, trở lại thi đấu tại V-League.
Mặc dù là một trong những đội bóng đầu tiên chuyển sang mô hình chuyên nghiệp, nhưng với cách thức tổ chức hoạt động vẫn còn lạc hậu của những người có thẩm quyền, thành tích của đội thường xuyên trồi sụt.[3]
Nỗi đau mất phiên hiệu
Mặc dù phiên hiệu Cảng Sài Gòn có truyền thống lâu dài, bề dày thành tích, cũng như sự yêu mến và ủng hộ của nhiều người hâm mộ, nhưng nơi đã làm nên thương hiệu của đội bóng lại bỏ rơi chính đứa con của mình. Cuối năm 2008, lãnh đạo Cảng Sài Gòn tuyên bố không còn kinh phí để duy trì đội bóng, đồng nghĩa với việc phiên hiệu Cảng Sài Gòn bị xóa bỏ.[4][5]
Chỉ còn nhà tài trợ chính là Công ty Thép Việt Nam, lãnh đạo câu lạc bộ đã đưa ra quyết định đổi tên đội bóng để hoạt động theo mô hình chuyên nghiệp, trong đó, tên hiệu Câu lạc bộ bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh được lựa chọn với sự đồng ý chuyển phiên hiệu của đơn vị chủ quản câu lạc bộ này là Công ty Trách nhiệm hữu hạn bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh và Liên đoàn bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh với cái giá 15 tỷ đồng đầu tư cho chính câu lạc bộ[6].
Quyết định đổi tên đã vấp phải sự phản ứng quyết liệt của Hội cổ động viên đội bóng cũng như gây nhiều tiếc nuối đối với các cổ động viên trung thành của đội do luyến tiếc với truyền thống đã gắn liền với cái tên Cảng Sài Gòn.[5]. Tuy nhiên, tham vọng của lãnh đạo đội bóng là trở thành câu lạc bộ bóng đá tiêu biểu cho Thành phố Hồ Chí Minh cũng như sự thuận tiện khi thu hút sự trợ giúp từ chính quyền cũng như thu hút tài trợ từ các doanh nghiệp của thành phố. Chính vì vậy, ngày 22 tháng 1 năm 2009, câu lạc bộ đã chính thức đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh, với nhà tài trợ chính cho đội bóng là Công ty Thép Việt Nam (VN Steel).
Theo đa số các cổ động viên thì cái tên "Cảng Sài Gòn" là một tài sản tinh thần và là một thương hiệu rất lớn mang tầm vóc lịch sử. Trong bóng đá Việt Nam, Cảng Sài Gòn là một đội bóng có nét đặc trưng và giàu thành tích. Hậu quả của việc đổi tên là toàn thể Ban chấp hành Hội Cổ động viên đồng loạt từ chức và giải tán Hội Cổ động viên bóng đá Cảng Sài Gòn. Đây được coi như là sự khẳng định lập trường của người hâm mộ đối với quyết định của lãnh đạo câu lạc bộ. Ảnh hưởng của sự việc này lớn đến nỗi lãnh đạo đội bóng phải đi "thuê" người cổ vũ trên khán đài B sân Thống Nhất trong mùa bóng đầu tiên mang tên mới. Thiếu đi sự ủng hộ, đội bóng lại bị rớt hạng một lần nữa ngay trong mùa giải 2009.
Ngày 11 tháng 5 năm 2006, 2 cầu thủ Nguyễn Phúc Nguyên Chương và Hồ Văn Lợi, huấn luyện viên thủ môn Nguyễn Văn Phụng của câu lạc bộ, cầu thủ Huỳnh Hồng Sơn của Câu lạc bộ bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh bị khởi tố vì tội nhận hối lộ của Câu lạc bộ bóng đá Sông Lam Nghệ An trong mùa giải 2000-01. Ngày 31 tháng 1 năm 2008, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao quyết định đình chỉ vụ án.[9]
^“Bản sao đã lưu trữ”. Báo Tuổi Trẻ. 20 tháng 1 năm 2009. Bản gốc lưu trữ ngày 31 tháng 8 năm 2009. Truy cập ngày 22 tháng 1 năm 2009. Chú thích có tham số trống không rõ: |6= (trợ giúp); Đã định rõ hơn một tham số trong |tên bài= và |title= (trợ giúp)
^ ab“Bản sao đã lưu trữ”. Báo Tuổi Trẻ. 22 tháng 1 năm 2009. Bản gốc lưu trữ ngày 31 tháng 8 năm 2009. Truy cập ngày 22 tháng 1 năm 2009. Chú thích có tham số trống không rõ: |6= (trợ giúp); Đã định rõ hơn một tham số trong |tên bài= và |title= (trợ giúp)
.jpg)
