У 1621 році, у віці 9-ти років, після смерті єпископа Симона Рудницького, Ян Альберт стає князем-єпископом Ермланда (Вармії), 20 жовтня 1632 — князем-єпископом Краківським, і займає обидва ці пости до 1633 року. Освіту здобув у школі єзуїтів. На його особисті кошти у місті Фромборк був зведений кафедральний собор, і для його служителів закуплені священні шати. У 1633 Ян Альберт зводиться в сан кардинала римським папою Урбаном VIII.
Помер у Падуї, під час виконання дипломатичної місії, з якою Ян Альберт був відправлений до Італії братом, польським королем Владиславом IV, захворівши віспою.