Під час Другої світової війни вона зазнала значних втрат: увійшовши до Могильова-Подільського, німці кинули туди кілька пачок гранат, а потім влаштували у зруйнованій будівлі стайню. Після війни, у 1952 році, у приміщенні колишньої церкви розташувався військовий клуб. Тому купол церкви опустили, а дзвіницю знесли. Храмове оздоблення, в тому числі оригінальний мармуровий іконостас, було повністю знищено, а фрески церкви зафарбовані[3].
Під час радянської окупації церква була перетворена на клуб військової частини. У 1980-х роках ХХ ст. приміщення було переобладнано під військовий склад[3].
На початку 1990-х рр. ХХ ст. церква вже була у дуже поганому технічному стані. У 1993 році місцева військова частина не погодилася влаштувати в напівзруйнованому будинку казино, а потім перетворити його на молитовний будинок одного з протестантських релігійних об'єднань. Зрештою, у 1994 році церкву повернули Українській православній церкві Московського патріархату, а в 1996 році розпочався його ремонт[3]. У 2007 році було завершено реконструкцію даху та відновлення купола в первісному вигляді. До споруди добудували новий іконостас і відреставрували фрески[3].
