Вихованець школи уругвайського клубу Депортиво Мальдонадо. У січні 2014 року Хоакін приєднався до основного складу клубу. В першому сезоні він був гравцем ротації. На початку 2015 року став регулярно з'являтися на полі. Загалом за 3 роки у клубі Себальос провів 44 поєдинки, забив 10 м'ячів. У лютому 2017 року перейшов до Уракану, у складі якого за 7 місяців зіграв 27 матчів і забив 7 м'яів. У лютому 2018 року перейшов до Хувентуду, у складі котрого провів 2 роки, зіграв 61 матч забивши 31 гол.
Після настільки успішних виступів переїхав до Європи, в іспанський клуб Жирона, проте повторити результативність попередньіх двох сезонів не вийшло, за трохи більше ніж пів року Хоакін з'являвся на полі лише у 6 матчах, і був відправлений в оренду до дублю Барселони. За каналонців Себальос провів 13 матчів, але відзначитися не зміг.
