Насамперед відомий виступами за БАТЕ, у складі якого провів понад сто матчів в чемпіонаті Білорусі та став шестиразовим чемпіоном країни, а також національну збірну Білорусі.
Клубна кар'єра
Вихованець мінської «Зміни». Перший тренер — Леонід Іванович Данейко.
Професійну кар'єру розпочав у БАТЕ 2005 року, виступав за дубль. 2006 року дебютував в чемпіонаті Білорусі. У сезоні 2007 року був гравцем основного складу. Всього взяв участь у 23 матчах чемпіонату.
Першу половину 2009 року провів в оренді в «Томі», проте майже не грав через травму, а у другій зіграв за «Спартак» 5 матчах та забив 1 м'яч. У сезоні 2010 року перебував в оренді у клубі «Сибір».
17 лютого 2011 року повернувся до білоруського БАТЕ до кінця року на правах оренди[3]. 28 серпня в білоруському класико в Борисові за рахунку 2:2, який сам же і зробив рівним, на 81-й хвилині став у ворота «жовто-синіх» після видалення голкіпера Олександра Гутора за гру руками за межами штрафного (друга жовта, а ліміт замін був уже вичерпаний), рахунок у матчі не змінився[4]. Був включений БФФ до списку 22 найкращих футболістів чемпіонату Білорусі 2011.
21 лютого2012 року Борисовський клуб і «Спартак» підписали договір про перехід Філіпенко в БАТЕ на постійній основі. 23 лютого було підписано особистий контракт. Був включений БФФ в список 22 найкращих футболістів чемпіонату Білорусі 2013.
Успішно для Філіпенко склався сезон 2014, в якому він був визнаний найкращим захисником чемпіонату Білорусі 2014 року. У грудні 2014 року з'явилася інформація про те, що Філіпенко, у якого закінчувався термін дії контракту з борисовською командою, близький до переходу в турецький «Фенербахче»[5]. 5 січня 2017 року вільним агентом перейшов до іспанської «Малаги»[6], з якою встиг пройти медогляд[7] та підписати контракт, розрахований до кінця сезону 2016/17[8]. П'ять днів по тому вперше потрапив до заявки нової команди на Ла Росаледа, в нічийному (1:1) поєдинку чемпіонату Іспанії проти «Вільярреала», проте провів увесь матч на лаві для запасних[9]. Проте дебютував за «Малагу» 13 квітня того ж року, в програному (2:3) поєдинку 1/8 фіналу Кубку Іспанії проти «Леванте». Єгор вийшов на поле за 25 хвилині до завершення матчу. замінивши Маркоса Анхелері. Проте за сумою двох матчів до наступного раунду кубку вийшла саме «Малага»[10]. Іспанське газета Marca включила білоруса до символічної збірної найгірших футболістів Ла Ліги[11]. В елітному дивізіоні іспанського чемпіонату дебютував 6 грудня 2015 року в нічийному (0:0) поєдинку проти «Атлетіка» (Більбао). Єгор вийшов на поле в стартовому складі, а під час перерви у матчі його замінив Хуанпі[12]. За 18 місяців зіграв 11 матчів в іспанських турнірах.