13 січня 1993 року Генеральний штаб Збройних сил України затвердив штат організаційної групи Військово-медичного відділення при Національному медичному університеті імені О. Богомольця. В серпні 1993 року відбувся перший набір слухачів за 9 спеціальностями, а з січня 1994 року розпочалося навчання на факультеті перепідготовки та підвищення кваліфікації військових медиків.
У червні 1995 році відбувся перший випуск 25 лікарів-фахівців для Збройних сил України.
1 травня 1996 року на базі Військово-медичного відділення було створено Військово-медичний Інститут.
Факультет підготовки військових медиків. Здійснює підготовку військових медиків за 14 спеціальностями.
Факультет перепідготовки та підвищення кваліфікації. Здійснює вторинну перепідготовку та підвищення кваліфікації військових медиків.
Наукова діяльність
Протягом функціонування академії, військовими медиками було захищено понад 130 кандидатських та понад 30 докторських дисертацій. Серед постійних викладачів академії 65 мають ступінь кандидата медичних наук та 24 доктори медичних наук. Академія здійснює постійну науково-дослідну діяльність з 5 основних актуальних напрямків військової медицини, результати якої оприлюднюються у щоквартальному науково-практичному журналі Міністерства оборони України та в збірнику наукових праць «Проблеми військової охорони здоров'я», які включено у перелік наукових спеціалізованих видань України в галузі медицини.
Міжнародна діяльність
Активний постійний розвиток міжнародних зв'язків відбувається з вищими медично-навчальними та науково-дослідними військовими закладами закордонних країн, на підставі офіційних угод про співробітництво між Міністерством оборони України та військовими відомствами інших держав.
Особливо плідна співпраця здійснюється з військовими медиками Грузії, Болгарії, Молдови, Латвії, Литви, Естонії, Греції, США, Німеччини, Нідерландів, Норвегії, Хорватії та інших. Постійно здійснюються дружні взаємні візити та науково-практичні медичні конференції за важливими актуальними напрямками сучасної військової медицини.
