Хокейну кар'єру розпочав на батьківщині 2006 року виступами за команду «Оцеларжи».
2008 року був обраний на драфті НХЛ під 90-м загальним номером командою «Нью-Йорк Рейнджерс» уклавши з ним контракт 25 серпня 2008.[1] Щоб адаптуватись до північноамериканського хокею Томаш сезон відіграв за «Медисин-Гат Тайгерс» (ЗХЛ). Зрештою Кундратек виступав за клуби АХЛ та ЗХЛ до сезону 2011/12.
Відігравши ще два сезони в США за «Герші Берс» Томаш повернувся до Європи, де розпочав виступи за ризьке «Динамо» (КХЛ) уклавши однорічний контракт.[2] Через рік перейшов до іншого клубу КХЛ «Слован» (Братислава), відігравши два сезони за словацька команду перейшов до російського «Торпедо» (Нижній Новгород), а влітку 2018 до китайського «Куньлунь Ред Стар». Наприкінці сезону 2018/19 повернувся до чеського клубу «Оцеларжи».