Після смерті Імператора Мейдзі в 1912 році та Імператриці Шьокен в 1914 році серед пересічних японців виник рук вшанування цих монарших осіб як синтоїстських божеств. У зв'язку з цим 1915 року японський уряд видав розпорядження про спорудження державного святилища. Місцем для його побудови було обрано парк Йойоґі, де знаходилися старовинні садиби 17 століття. Будівельні роботи тривали 5 років[4].
Урочисте відкриття Святилища Мейдзі відбулося 1920 року. Його площа становила 700 тисяч м²[4]. Для облаштування території Святилища було використано 120 тисяч дерев і кущів 365 різних видів, які зібрали з усієї Японії[4]. Садівницькими роботами займалися юнацькі добровольчі загони з усіх японських префектур. 1926 року вони завершили спорудження зовнішнього саду, площа якого склала 300 тисяч м²[4].
В квітні 1945 року Святилище Мейдзі було зруйноване під час Другої світової війни, в ході бомбардування Токіо літаками ВПС Армії США. 1958 року вся територія святилища була відреставрована і відкрита для вільного відвідування[4].
