Саїф Елдін Алі народився в Хартумі, та розпочав виступи на футбольних полях у складі місцевого клубу «Аль-Шеріф» у 2000 році. у 2006 році футболіст перейшов до клубу «Аль-Гіляль» з Омдурмана, у складі якого грав до 2016 року. У складі клубу 7 разів ставав чемпіоном Судану, та тричі ставав володарем Кубка Судану. На початку 2017 року Саїф Елдін Алі став гравцем клубу «Аль-Аглі» (Шенді), у складі якого грав до 2018 року, ще раз отримавши титул володаря Кубка Судану. У 2018 році він перейшов до складу команди «Аль-Гіляль» (Кадуглі), у складі якого завершив виступи на футбольних полях у 2020 році.
Виступи за збірну
У 2007 році Саїф Елдін Алі дебютував у складі національної збірної Судану. У складі збірної двічі брав участь у Кубку африканських націй — у 2008 році та в 2012 році, утім на них збірна не подолала груповий етап. У складі збірної футболіст грав до 2015 року, зіграв у складі збірної загалом 61 матч, у яких відзначився 4 забитими м'ячами.