Самарський район був утворений 1929 року, центром стало село Велика Буконь. 1930 року район був розділений на дві частини — Самарський район з центром у селі Самарське та Кокпектинський район з центром у селі Кокпекти. 23 травня1997 року Самарський район був ліквідований, територія увійшла до складу Кокпектинського району.
3 травня2022 року Самарський район був відновлений шляхом виділення зі складу Кокпектинського району[2].