Річард Бонно

Річард Бонно
Країна США
Діяльністьбіохімік, науково-педагогічний працівник
ЗакладНью-Йоркський університет[1]

Річард Бонно — американський обчислювальний біолог і науковець з даних, основні дослідження якого проводяться в таких галузях: вивчення мереж на основі даних функціональної геноміки, передбачення та проектування білкової та пептидоміметичної структури та застосування науки даних до соціальних мереж. Професор Нью-Йоркського університету, він займає посади на кафедрі біології, Центрі науки про дані та Інституті математичних наук Куранта .

Біографія

Бонно є керівником групи системної біології в центрі обчислювальної біології Інституту Флетайрона[en]. Зараз він директор Центру науки про дані Нью-Йоркського університету[en].

Наукова робота

У галузі передбачення структури Бонно був одним із перших авторів коду Розетти, одного з перших кодів, який продемонстрував здатність передбачати структуру білка за відсутності гомології послідовності.[2][3] Використовуючи IBM World Community Grid для згортання цілих проте-омів, його група також застосувала передбачення структури до проблеми геному та анотації проте омів.[4][5][6]

Його група зробила ключовий внесок у галузі аналізу геномних даних, зосередившись на двох основних областях: 1. методи мережевого висновку, які розкривають динаміку та топологію з даних, і 2. методи, які вивчають залежні від умов спільно-регульовані групи з інтеграції різних геномів. типи даних.[7]

У 2013 році він та його колеги з Нью-Йоркського університету розпочали проект із вивчення впливу використання соціальних медіа на політичні настрої та участь шляхом застосування методів із низки академічних дисциплін. Проект — Соціальні медіа та політична участь (SMaPP) — спирається як на дані опитування, так і на загальнодоступні дані соціальних медіа для вирішення низки питань, що стосуються причинно-наслідкових процесів, які формують політичну участь.

Мережевий висновок і системна біологія

Разом з Вестьенном Торссоном, Девідом Рейссом і Нітіном Балігою він розробив Inferelator і cMonkey, два алгоритми, які були вирішальними для вивчення загальногеномної моделі регуляторної мережі Halobacterium . Баліга і Бонно використовували свою модель для прогнозування транскрипційної динаміки реакції клітини на нове середовище (публікація в Cell у грудні 2007 року). Ця робота являє собою першу повністю керовану даними реконструкцію регуляторної мережі клітин, що включає вивчення кінетичних/динамічних параметрів, а також топології мережі.

Посилання

  1. https://as.nyu.edu/biology/directory.richard-bonneau.html
  2. Renfrew PD, Campbell G, Strauss CEM, Bonneau R (2011) The 2010 Rosetta Developers Meeting: Macromolecular Prediction and Design Meets Reproducible Publishing. PLoS ONE 6(8): e22431
  3. Renfrew PD, Choi EJ, Bonneau R, Kuhlman B (2012) Incorporation of Noncanonical AminoAcids into Rosetta and Use in Computational Protein-Peptide Interface Design.PLoS ONE 7(3): e32637.
  4. Drew K, Winters P, Butterfoss GL, Berstis V, Uplinger K, Armstrong J, Riffle M, Schweighofer E, Bovermann B, Goodlett DR, Davis TN, Shasha D, Malmström L, Bonneau R., Genome Res. 2011 Nov; 21(11):1981-94.
  5. The proteome folding project: Proteome-scale prediction of structure and function (2011) Kevin Drew, Patrick Winters, GlennL. Butterfoss, Viktors Berstis, Keith Uplinger, Jonathan Armstrong, MichaelRiffle, Erik Schweighofer, Bill Bovermann, David R. Goodlett, Trisha N. Davis, Dennis Shasha, Lars Malmstrom, and Richard Bonneau. Genome Research, August 8, 2011)
  6. Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS, et al. A predictive model for transcriptional control of physiology in a free living cell. (2007) Cell. Dec 131:1354-1365
  7. Maria Ciofani, Aviv Madar, Carolina Galan, MacLean Sellars, Kieran Mace, Florencia Pauli, Ashish Agarwal, Wendy Huang, Christopher N. Parkurst, Michael Muratet, Kim M. Newberry, Sarah Meadows, Alex Greenfield, Yi Yang, Preti Jain, Francis K. Kirigin, Carmen Birchmeier, Erwin F. Wagner, Kenneth M. Murphy, Richard M. Myers, Richard Bonneau, Dan R. Littman. Cell, October 12, 2012 (Vol. 151, Issue 2, pp. 289—303)
  • Bonneau, R & Baker, D. (2001). Прогнозування структури білка Ab Initio: прогрес і перспективи. Анну. Рев. Біофіз. Біомол. Структура. 30, 173-89.
  • Бонно Р., Ділан Чівіан, Чарлі Е. М. Штраус, Керол Рол, Девід Бейкер. (2002) Де Ново Прогноз тривимірних структур для основних білкових сімей. JMB, 322 (1): 65-78.
  • Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Комплексне прогнозування структури de novo в контексті системної біології для археї Halobacterium sp. НРЦ-1. Біологія геному. 5(8): R52-68
  • Майк Боксем, Золтан Маліга, Нільс Дж. Клітгорд, На Лі, Ірма Лемменс, Мієко Мана, Лоренцо Де Ліхтервельде, Йорам Мул, Дідерік ван де Пеут, Максим Девос, Ніколас Сімоніс, Анн-Лоре Шлайц, Мурат Кокол, Мухаммед А. Йілдірім, Тонг Хао, Чангю Фан, Ченвей Лінь, Майк Типсворд, Кевін Дрю, Матильда Галлі, Кан Ррісорракрай, Девід Дреч-сел, Девід Е. Хілл, Річард Бонне, Крістін К. Гунсалус, Фредерік П. Рот, Фабіо Піано, Ян Таверньє, Сандер ван ден Хейвел, Ентоні А. Хайман, Марк Відал. Інтерактомна мережа на основі білкового домену для C. elegans раннього ембріогенезу. (2008) Клетка, 134(3) с. 534 — 545.
  • Andersen-Nissen E, Smith KD, Bonneau R, Strong RK, Aderem A. Збережена поверхня на Toll-подібному рецепторі 5 розпізнає бактеріальний флагелін. (2007) J Exp Med. 19 лютого; 204 (2): 393—403.
  • Боно, Річард. Навчання біологічних мереж: від модулів до динаміки. Nature Chemical Biology 4, 658—664 (2008)
  • Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) The Inferelator: процедура для вивчення економних регуляторних мереж із системно-біологічних наборів даних de novo. Геном біол. 7(5): R36.
  • David J Reiss, Nitin S Baliga, Bonneau R. (2006) Інтегрована бікластеризація гетерогенних наборів даних по всьому геному. Біоінформатика BMC. 7(1):280.

Зовнішні посилання

Read other articles:

Iglesia de NuestraSeñora de la Asunción LocalizaciónPaís España EspañaComunidad Castilla y León Castilla y LeónProvincia Valladolid ValladolidLocalidad Laguna de DueroCoordenadas 41°35′00″N 4°43′20″O / 41.583288888889, -4.7220944444444Información religiosaCulto CatólicoDiócesis ValladolidAdvocación Nuestra Señora de la AsunciónHistoria del edificioConstrucción Siglo XVIDatos arquitectónicosTipo IglesiaEstilo Gótico[editar dat...

 

Bit merah (Beta vulgaris subsp. vulgaris Conditiva-Grup) Bit merah (Inggris: beetrootcode: en is deprecated ) dimasukkan ke dalam kelas Beta vulgaris dan subspecies group vulgaris Conditiva. Karena warnanya yang merah keunguan yang kuat, selain untuk makanan, juga digunakan sebagai pewarna makanan dan pengobatan. Penggunaan Makanan Irisan dari umbi bit merah Umbi yang berwarna merah keunguan dapat dimakan secara langsung sebagai bagian dari salad yang dicampur dengan sayuran lain, atau juga d...

 

French media company Canal+ GroupA Canal+ store in Tomaszów Mazowiecki, Poland.Company typeSubsidiaryIndustryMediaFounded1983; 41 years ago (1983)HeadquartersIssy-les-Moulineaux, FranceArea servedFrancePolandNetherlandsBelgiumAustriaPolandRomaniaHungaryCzech RepublicMyanmarVietnamKey peopleJean-Christophe Thiery(President)Maxime Saada(Chairman and CEO)ProductsPay TVTelevision productionFilm production & distributionRevenue€5.16 billion (2018)Number of employees7,...

Steam power plant in Manhattan, New York IRT PowerhouseFacade of the powerhouse on Eleventh AvenueGeneral informationTypeSteam power plantArchitectural styleRenaissance RevivalAddress855–869 Eleventh AvenueTown or cityNew York CityCountryUnited StatesCoordinates40°46′19″N 73°59′32″W / 40.77194°N 73.99222°W / 40.77194; -73.99222Construction started1902Completed1905OpenedOctober 27, 1904OwnerConsolidated EdisonDimensionsOther dimensions500 feet (150 m)...

 

2020 single by Taylor Swift The ManLive version coverSingle by Taylor Swiftfrom the album Lover ReleasedJanuary 27, 2020 (2020-01-27)Recorded2019Studio Electric Lady (New York City) Golden Age West (Auckland, New Zealand) Genre Electropop synth-pop Length3:10LabelRepublicSongwriter(s) Taylor Swift Joel Little Producer(s) Taylor Swift Joel Little Taylor Swift singles chronology Christmas Tree Farm (2019) The Man (2020) Cardigan (2020) Music videoThe Man on YouTube The Man is a s...

 

Template:Africa topic is permanently protected from editing because it is a heavily used or highly visible template. Substantial changes should first be proposed and discussed here on this page. If the proposal is uncontroversial or has been discussed and is supported by consensus, editors may use {{edit template-protected}} to notify an administrator or template editor to make the requested edit. Usually, any contributor may edit the template's documentation to add usage notes or categories...

Artikel ini tidak memiliki referensi atau sumber tepercaya sehingga isinya tidak bisa dipastikan. Tolong bantu perbaiki artikel ini dengan menambahkan referensi yang layak. Tulisan tanpa sumber dapat dipertanyakan dan dihapus sewaktu-waktu.Cari sumber: Soekarmen – berita · surat kabar · buku · cendekiawan · JSTOR Soekarmen Gubernur Bali Ke-4Masa jabatan1967–1978PendahuluI Gusti Putu MarthaPenggantiIda Bagus Mantra Informasi pribadiLahir(1925-05-3...

 

Не плутати з Буковинський університет. Чернівецький національний університет імені Юрія ФедьковичаЧНУ ім. Юрія Федьковича|рівень акредитації|складається з ЧернівціНазва латиною Yuriy Fedkovych Chernivtsi National UniversityТип національний, дослідницький університетКраїна УкраїнаРозта...

 

李光耀逝世及葬礼李光耀(1923年-2015年)日期2015年3月23日-2015年3月29日地点新加坡斯里淡马锡(私人守灵)新加坡国会大厦(民众瞻仰)新加坡国立大学文化中心(国葬)万礼火葬场(英语:Mandai Crematorium and Columbarium)(火葬)网站www.rememberingleekuanyew.sg 2015年3月23日凌晨3時18分(新加坡標準時間),新加坡建国后首任总理、前內閣资政和执政人民行动党首任秘书长李光�...

Native American tribe in the Pacific Northwest This article has multiple issues. Please help improve it or discuss these issues on the talk page. (Learn how and when to remove these template messages) This article may need to be rewritten to comply with Wikipedia's quality standards, as the content is inconsistent in itself, and with given references (I made an emergency fix in one place, together with placing this template, but there likely is more.). You can help. The talk page may contain ...

 

Political party in Taiwan You can help expand this article with text translated from the corresponding article in Chinese. (December 2018) Click [show] for important translation instructions. Machine translation, like DeepL or Google Translate, is a useful starting point for translations, but translators must revise errors as necessary and confirm that the translation is accurate, rather than simply copy-pasting machine-translated text into the English Wikipedia. Do not translate text th...

 

SovereignBritania RayaNilai1 pound sterlingMassa7,98805 gDiameter22,05 mmKetebalan1,52 mmTepiBergerigi (beberapa tidak dimaksudkan untuk sirkulasi memiliki tepi polos)Komposisi0,917 emas, 0,083 tembaga atau logam lainnyaEmas0,2354 ons troyTahun pencetakan1817–sekarangTanda cetakBeraneka. Ditemukan pada sisi belakang pada exergue antara desain dan tanggal terdapat Santo Georgius dan para penguasa Naga, dan di bawah bumban untuk koin sovereign dengan perisai pada sisi...

Kementerian Urusan Dalam Negeri dan Komunikasi総務省Sōmu-shōGedung ke-2 dari Kantor Pemerintahan Umum Pusat, gedung yang merumahi kementerian tersebutInformasi lembagaDibentuk06 Januari 2001 (2001-01-06)Nomenklatur sebelumnyaKementerian Urusan Dalam NegeriKementerian Pos dan TelekomunikasiBadan Manajemen dan KoordinasiWilayah hukum JepangKantor pusat2-1-2 Kasumigaseki, Chiyoda-ku, Tokyo, Jepang35°40′31.32″N 139°45′40.03″E / 35.6753667°N 139.7611194°E...

 

Academic field concerned with collection and analysis of information Not to be confused with information theory, information engineering (field), data science, library science, or information systems (discipline). Information Sciences redirects here. For the journal, see Information Sciences (journal). It has been suggested that this article be split into multiple articles accessible from a disambiguation page. Please discuss this on the article's talk page. (January 2021) Visualization o...

 

Place in Bavaria, Germany Town in Bavaria, GermanyBad Aibling TownThe former Prantshausen castle and the Church of Saint Sebastian Coat of armsLocation of Bad Aibling within Rosenheim district Bad Aibling Show map of GermanyBad Aibling Show map of BavariaCoordinates: 47°51′50″N 12°00′36″E / 47.86389°N 12.01000°E / 47.86389; 12.01000CountryGermanyStateBavariaAdmin. regionUpper Bavaria DistrictRosenheim Subdivisions28 StadtteileGovernment • Mayor ...

For other ships with the same name, see HMS Tonbridge. History Name Tonbridge (1924–40) HMS Tonbridge (1940–41) NamesakeTonbridge Owner Southern Railway (1924–40) Admiralty (1940–41) Operator Southern Railway (1924–40) Royal Navy (1940–41) Port of registry London, United Kingdom BuilderD W Henderson & Sons Ltd. Yard number644 Launched3 June 1924 Completed21 July 1924 Out of service22 August 1941 Identification Code Letters KRDL (1924–34) Code Letters MLYV (1934–41) Pennant...

 

German historian of Middle East Birgit SchäblerAcademic backgroundAlma materNürnberg, Univ.ThesisAufstände im Drusenbergland Ethnizität und Integration einer ländlichen Gesellschaft Syriens vom Osmanischen Reich bis zur staatlichen Unabhängigkeit ; 1850 - 1949 (1994) Birgit Schäbler is a historian who is known for her work on Germany, Europe, and Oriental/Islamic studies. She is a professor at the University of Erfurt where she is in the department of Middle East History. Car...

 

Jérôme Boateng Boateng bersama Bayern pada tahun 2019Informasi pribadiNama lengkap Jérôme Agyenim Boateng[1]Tanggal lahir 3 September 1988 (umur 35)[2]Tempat lahir Berlin, Jerman BaratTinggi 1,90 m (6 ft 3 in)[3]Posisi bermain Bek[4]Informasi klubKlub saat ini SalernitanaNomor 5Karier junior1994–2002 Tennis Borussia Berlin2002–2006 Hertha BSCKarier senior*Tahun Tim Tampil (Gol)2006–2007 Hertha BSC II 24 (1)2007 Hertha BSC 10 (0)20...

Indoor arena in Louisiana, United States Pete Maravich Assembly CenterThe PMACThe Deaf DomeFormer namesLSU Assembly Center (1972–1988)AddressNorth Stadium RoadLocationBaton Rouge, LouisianaCoordinates30°24′51″N 91°11′04″W / 30.4142°N 91.1845°W / 30.4142; -91.1845OwnerLouisiana State UniversityOperatorLSU Athletics DepartmentCapacity13,215 (2009–present)[1] 13,472 (2006–2009)14,164 (1990–2005)14,236 (1983–1990)14,262 (1981–1983)14,327 (19...

 

Consonantal sound represented by ⟨r̥⟩ in IPA Voiceless alveolar trillr̥IPA Number122 402AAudio sample source · helpEncodingX-SAMPAr_0 Image The voiceless alveolar trill differs from the voiced alveolar trill /r/ only by the vibrations of the vocal cord. It occurs in a few languages, usually alongside the voiced version, as a similar phoneme or an allophone. Proto-Indo-European *sr developed into a sound spelled ⟨ῥ⟩, with the letter for /r/ and the diacritic...