Стяг золотого кольору, із співвідношенням довжини прапора до його ширини 2:3. У центрі розміщено герб міста Конотоп. Співвідношення висоти гербового щита до висоти прапора дорівнює 1:2.
Жовтий колір символізує шляхетність і заможність.
Червоний колір символізує кохання, відвагу, мужність і кров.
Прапор є символом міського самоврядування, а також відображає історію та традиції міста. Основним елементом прапора є конотопський герб.
