На чемпіонаті Європи 1996 року в Англії Міккельсен відсудив гру між Болгарією та Румунією. Після того, як він не зарахував нібито правильний гол під час матчу, його піддали різкій критиці в деяких виданнях.[1]
Петер Міккельсен був офіційним спостерігачем УЄФА та багато працював з молодими данськими арбітрами. Був членом Комітету арбітрів ФІФА. У 1992 році був членом експертної комісії, ініційованої Зеппом Блаттером, яка запропонувала зміни до футбольних правил під назвою «Task Force 2000». Вони включали, зокрема, пізніше реалізовану зміну правила гри у зворотний пас, а також ідеї щодо часових покарань та запровадження режиму раптової смерті для прийняття рішень у додатковий час.[2]
30 січня 2019 року Міккельсен помер від раку у віці 58 років.[3] До цього він роками був прикутий до інвалідного візка через параліч одного боку, пов'язаного із хворобою.[4]