Навчався в Імператорській Академії мистецтв у Петербурзі — здобув звання класного художника 2 класу, нагороджений малою та великою срібними медалями. Закінчив Академію у грудні 1892[2].
Вже у травні 1893 року призначений міським архітектором Києва; фактично почав виконувати ці обов'язки у 1892, ще будучи студентом, через тяжку хворобу попереднього міського архітектора Адольфа Геккера[3]. Керував приватною забудовою у деяких районах Києва; складав проєкти та виконував будівництво за дорученням Міської думи. Зокрема, розробляв ескізи прикрас міста з нагоди відвідин царської родини у 1911 році. Був членом будівельної комісії з будівництва комплексу Київського політехнічного інституту.
Займався педагогічною діяльністю. Викладав у Київському художньому училищі.
У 1913 році підготував збірник нормативних документів для будівництва у Києві[4].
Був одружений з данкою Єлизаветою (Ельзою) Генріксен. У листопаді 1917 року, через революцію, покинув посаду міського архітектора Києва та виїхав до Батьківщини дружини, опинився відрізаним від України наступними подіями. Надалі залишався у Данії, тримав фотографічний заклад. Останнє повідомлення про Іполіта (його лист брату Леоніду) датовано кінцем 1937 року.
На ранньому етапі своєї творчого шляху Іполіт перебував під впливом батька-архітектора. Особливо виразно це проявилося у єдиній побудованій ним сакральній православній будівлі, декорованій у «руському стилі». Для житлових і суспільних будівель використовував, головним чином, форми неоренесансу та «цегляного стилю». На початку XX століття Ніколаєв-молодший проявляв більшу свободу та різноманіття творчих прийомів. Опанував форми модернізованих неостилів.
Окремі виконані проекти у Києві
Міські суспільні будівлі
Корпуси Олександрівської міської лікарні (вул. Шовковична, 39/1): пологовий дім, 1893–1894 (проєкт за участі А. К. Геккера; будівля недобудована, тепер отоларингологичний центр); дорослий інфекційний корпус, 1897–1900 (у 2000–2010 на реконструкції); дитячий інфекційний корпус, 1900 (згодом лікарняна аптека); чоловічий терапевтичний та хірургічний корпус, 1914–1917 (будівництво за участі міського інженера С. Г. Смірнова, пізніше так і недобудований, нині урологічний центр).
Міське початкове училище імені В. А. Жуковського, 1902–1904 (вул. Лук'янівська, 62; будівля реконструйована, нині центральний офіс ДАІ МВС України).
Міське початкове училище імені М. В. Гоголя, 1902–1904 (вул. Предславинська, 30-а; нині школа-гімназія № 56).
Будівля Бульварної поліційної дільниці, 1909 (вул. Жилянська; не збереглося).
Міська санітарна станція зі службами, 1905–1909 (ріг вул. Володимира Винниченка та Некрасівської; будівля недобудована).
Міська внутрішня митниця, 1910–1911 (вул. Жилянська; нині корпус заводу «Транссигнал»).
2-й міський театр, 1911–1912 (Петровська алея; капітальна театральна будівля поруч із розважальним комплексом «Шато-де-Флер», згорів у 1920).
Спроєктував інтер'єр кінотеатру Шанцера на Хрещатику (1898 p.).
Сакральні будівлі
Покровська церква на Солом'янці. Храм для околиці Києва, побудований за ініціативою Міської думи у пам'ять митрополита Платона (Городецького), який помер на Покров 1891. Проект складено Іполітом Ніколаєвим у «руському стилі» у 1893, будівництво завершено у 1897. Згодом, у 1914, церква була розширена з прибудовою дзвіниці за проектом К. І. Сроковського. У радянські часи верхівки башт і дзвіниця були зруйновані, нині відбудовані.
Синагога в садибі Я. Каплера (А. Терещенка), 1897 (вул. Ярославська, 17; не збереглася).
Житлові будівлі
Житловий будинок на вул. Щекавицькій, 41 (1894 р., не зберігся);
Прибутковий дім А. Терещенка, 1897 (вул. Костянтинівська, 22/17; оздоблений у «цегляному стилі», пізніше належав Я. Каплеру, у домі знаходився готель «Сіон»);
Прибутковий дім Ф. Альошина, 1899 (вул. Богдана Хмельницького, 36; оздоблений у стилі неоренесансу, пізніше надобудований);
Прибутковий комплекс А. Терещенка, 1900 (4-поверховий кутовий корпус і 3-поверховий флігель по вул. Нижній Вал, 37/20; оздоблений у «цегляному стилі»);
Участь у будівництві багатоповерхового прибуткового будинку підрядника Л. Гінзбурга — «хмарочоса Гінзбурга» за проєктом А. Б. Мінкуса та Ф. А. Троупянського, 1910–1912 (вул. Інститутська, 16-18; будівля не збереглася);
Прибутковий дім Бендерських, 1914 (вул. Велика Васильківська, 26; оздоблений у стилі модернізованого ампіру);
Особняк М. Мерінга / М. Собанського на вул. Великій Житомирській, 28 (1893 p.);
Прибутковий будинок М. Комарницької на вул. Великій Житомирській, 4 (1895 p.);
Прибутковий будинок А. Терещенка на вул. Ярославській № 10 (1897 p.);
Прибутковий будинок А. Терещенка на вул. Ярославській, 17 (1897 р., не зберігся);
Прибутковий будинок на вул. Костянтинівській, 22 (1897 p.);
Прибуткові будинки на вул. Малій Житомирській, 9, 9Б (1897 р.);
Перебудова прибуткової лазні на спиртовий завод на вул. Ярославській, 57 (1897 р.);
Прибутковий будинок Терещенків на вул. Ярославській, 19 (1898 p.);
Прибутковий будинок М. Продаєвича на вул. Ярославській, 21-6 (кін. XIX ст.);
Прибутковий будинок на вул. Фундуклеївській, 38 (1899 p.);
Прибутковий будинок на вул. Оболонській, 37 (1899 p.);
Прибутковий будинок на вул. Нижній Вал, 37 (1900 p.);
Житловий будинок на вул. Воздвиженській, 13 (1900–1901 рр., співавтор М. Казанський, не зберігся);
Прибутковий будинок на вул. Десятинній, 1/3 (1901 р.);
Архітектурна частина пам'ятника Олександру II, скульптор Е. Ксіменес, 1911 (Європейська пл.; пам'ятник не зберігся).
Архітектурна частина пам'ятника П. А. Столипіну, скульптор Е. Ксіменес, 1913 (знищений киянами у 1917 році, вул. Хрещатик — на місці сучасного Майдану Незалежності).
↑Императорская Санкт-Петербургская Академия художеств. 1764–1914. Юбилейный справочник. — II. Часть биографическая / Сост. Кондаков С. — Санкт-Петербург, 1914. — С. 365. (рос.)
↑Сборник строительных постановлений для города Киева на основании Строительного Устава, обязательных постановлений Городской Думы, циркуляров и решений Правительствующего Сената / Сост. Николаев И. — Киев, 1913. (рос.)
Головні та міські архітектори Києва, 1799-1999: кат. вист. до двохсотріччя введ. посади голов. архітектора Києва / М. В. Виноградова та ін.; за заг. ред. М. М. Дьоміна; НДІТІАМ, Головкиївархітектура. — Киев : НДІТІАМ: Головкиївархітектура, 1999. — 36 с.
Кальницкий М. Зодчество и зодчие. — Киев : Варто, 2012. — 336 с. — (Киевские истории) — 1000 прим. — ISBN 9789662321227.(рос.)
Кальницький М. Архітектор Іполит Ніколаєв // Янус-Нерухомість. — 1998. — № 19. — С. 14, 15.