Окрім того, на період оренди Росією в Казахстані комплексу космодрому Байконур місто Байконир наділене статусом міста федерального значення. Проте, Байконур не має статусу суб'єкта РФ, органи його виконавчої та законодавчої влади не представлені у Раді федерації РФ.
Всередині міст федерального значення утворені внутрішньоміські муніципальні утворення (у Москві таких муніципальних утворень 125, в Санкт-Петербурзі 111). Самі міста муніципальними утвореннями не є. В цілях збереження єдності міського господарства частина повноважень, закріплених законом за органами місцевого самоврядування, зберігається за органами державної влади суб'єкта федерації.
