З ранніх років він обрав собі чернечий шлях, вступивши в 1942 році послушником в Глинську пустинь. Там же він в 1948 році прийняв чернечий постриг з ім'ям Леонтій.
У серпні 1948 року чернець Леонтій був висвячений в сан ієродиякона. Через три роки — у ієромонаха.
Після закінчення середньої школи в 1949 році поступив в Одеську Духовну Семінарію, яку закінчив у 1952 році, а потім поступив в Московську Духовну Академію, яку закінчив у 1957 році зі званням кандидата богослов'я.
У 1957 році, після закінчення академії, о. Леонтій був призначений помічником інспектора та викладачем Одеської Духовної Семінарії. У 1960 році він став намісником Успенського монастиря у м. Одесі, а невдовзі — ректором Одеської Духовної Семінарії.
Архімандрит Леонтій був хіротонізований на єпископа Подільського 14 січня 1962 року, за Божественною літургією в Сергієвому Трапезному храмі Троїце-Сергієвої Лаври. Хіротонію очолив Патріарх Московський і всієї Русі Алексій.