Третій розіграш Кубку Греції 1938—1939 відбувся після шестирічної перерви для реорганізації турніру. Усього брали участь 67 клубів. Фінальний матч зіграли 28 травня1939 на афінському стадіоні «Апостолос Ніколаїдіс». Столичний клуб АЕК зустрівся зі ПАОК і виграв зі рахунком 2:1.