У 1689 році Бжостовський домігся смертного вироку для філософа-атеїстаКазимира Лищинського. У 1690-ті Бжостовський вступив у гострий конфлікт із правлячою групою Сапігів у Великому князівстві Литовському (причиною було розміщення у 1692 році Великого гетьмана Литовського Казимира Яна Сапеги на зиму в церковних маєтках). Єпископа підтримали король Ян ІІІ Собеський, який прагнув послабити вплив Сапегів у ВКЛ. У 1694 році єпископ Бжостовський прокляв Сапегу, але Папа виступив проти ескалації конфлікту, що призвело до спалаху феодальної війни 1697–1702 між шляхтою та Сапегами. У 1697 році Бжостовський уклав компромісну угоду із Сапегами.
У 1713 році у Вільнюса заснував згромадження рохітів (Спільнота Братів милосердя від св. Роха), а в 1722 — піарів, які відкрили колегіум. Прийняв у своїй резиденції у Верках російського царя Петра I, захищав перед ним греко-католицьку церкву. Це настільки розлютило Петра I, що його ледь заспокоїв польський гетьман Григорій Огінський.
У 1717 році скликав синод Вільнюської єпархії. Автор богословських праць. Був ініціатором будівництва Вільнюського Костелу Святої Трійці.