1969 року захистив кандидатську дисертацію на тему «Особенности иннервации и морфо-функциональный анализ мышц плеча, действующих на локтевой сустав некоторых млекопитающих» (науковий керівник Г. Б. Агарков). У 1981 році захистив докторську дисертацію «Сравнительная морфология и эволюция органов локомоции рукокрылых».
Протягом 1982—2012 років — завідувач лабораторії і згодом відділу еволюційної морфології. У 1997—2007 роках був заступником директора з наукової роботи Інституту зоології.
Ковтун М. Ф., Шатковська О. В., Шатковський Ю. В. Формування черепа і скелета кінцівок птахів в ембріогенезі. — Київ, Наукова думка, 2008, 200 с.
Ковтун М. Ф., Шевердюкова Г. В. Онтогенез і філогенез тварин: природа, еволюція, взаємозв’язок, мінливість, сутність. — Київ: Наукова думка, 2023, 205 с.
Посібники і підручники
Ковтун М. Ф., Микитюк О. М., Харченко Л. П. Порівняльна анатомія хребетних. Частина І. (посібник). — Харків, 2002, 174 с.
Ковтун М. Ф., Микитюк О. М., Харченко Л. П. Порівняльна анатомія хребетних. Частина ІІ. (посібник). — Харків, 2003, 218 с.
Ковтун М. Ф., Микитюк О. М., Харченко Л. П. Порівняльна анатомія хребетних (підручник). — Харків, «ОВС», 2005, 687 с.
Kovtun M. F., Sheverdyukova H. V. Early stages of skull embryogenesis in the Grass snake, Natrix natrix (Serpentes, Colubridae). — Russian Journal of Developmental Biology, 2015, 46 (4), p. 222—230.
Ковтун М. Ф. О происхождении полета у рукокрылых (Chiroptera): предшествовало ли планирование активному полету? — Зоологический журнал, 2017, 96 (5), с. 537—546.
Sheverdyukova H. V., Kovtun M. F. Variation in the formation of crista sellaris and basisphenoid in the skull of the grass snake Natrix natrix embryos (Serpentes, Colubridae). — Journal of Morphology, 2020, 281 (3), pp. 338—347.
Посилання та джерела
Монченко В. И. Михаил Фотиевич Ковтун (к 70-летию со дня рождения) // Вестник зоологии. 2007. Т. 41, № 4. С. 381—382.
Дзеверин И. И., Кожурина Е. И. Михаил Фотиевич Ковтун // Plecotus et al. 2007. № 10. С. 88-89.