Відповідно до буття святого Северина«Vita Sancti Severini», написаного по його смерті на початку VI століття, близько 450 року на території нинішнього Зальцбурга знаходились дві церкви й один монастир. Першим єпископом цих територій був святий Максим, який був учнем святого Северина й абатом монастиря. Другим єпископом став святий Руперт, який заснував наприкінці VII століття на річці Зальцах новий монастир святого Петра, біля якого почав формуватись майбутній Зальцбург.
У середині IX століття єпископ Зальцбурга Адальвін постав перед претензіями моравського короля Ростислава, що захопив землі між Дунаєм та Диє й вигнав з Моравії баварських священиків. Цього часу у Моравії проповідували Кирило та Мефодій. Єпископ Адальвін протестував проти їхньої діяльності у його митрополії. Мефодія було викликано на синод до Зальцбурга, де Адальвін заборонив йому проповідувати в Моравії.
У XI столітті в Зальцбурзі Католицька Церква підпала під переслідування з боку імператорської влади, яка перебувала у суперечках з Ватиканом. Після призначення папоюГригорієм VII архієпископом Зальцбурга Гебарда, той стикнувся з протидією відносно вступу на кафедру. Архієпископ Гебард упродовж дев’яти років перебував у вигнанні. Його наступник архієпископ Тімо був ув’язнений на п’ять років й помер у в’язниці 1102 року. У 1122 році було підписано угоду між Ватиканом та імператором, й у Зальцбурзі було дозволено діяльність архієпископа.
У XVI столітті до архієпархії Зальцбурга стало проникати з Німеччини лютеранство. Архієпископ Парис фон Лондрон запросив до Зальцбурга єзуїтів, щоб ті займались місіонерською діяльністю серед протестантів. З причини переслідувань з боку Католицької церкви багато протестантів переїхало до Ганноверу, Східної Пруссії, Північної Америки.
28 січня 1785 року архієпархія Зальцбурга віддала частину своєї території єпархії Леобен.
