У сезоні 1996/97 виступав за турецький «Газіантепспор», зіграв 25 матчів і забив 3 голи[3]. Потім виступав на батьківщині в клубі «Уніао Сан-Жоан»[3]. У 2000 році повернувся в «Газіантепспор»[3].
У липні 2004 року перейшов в донецький «Шахтар», підписавши трирічний контракт[3]. Тренером донеччан був Мірча Луческу, який працював разом з ним в «Галатасараї». В чемпіонаті України Жуан дебютував 31 липня 2004 року в матчі проти донецького «Металурга» (3:0)[4], Жуан Батіста вийшов на 82 хвилині замість Матузалема. Разом з командою дійшов до 1/8 Кубка УЄФА, де «Шахтар» програв голландському АЗ. Також разом з командою став чемпіоном України і дійшов до фіналу Кубка, де «Шахтар» програв київському «Динамо» (1:0). Влітку 2005 року Жуану Батісті довелося покинути «Шахтар» через велику кількість легіонерів у клубі і наявний ліміт на легіонерів[5].
