З цього ж часу Ж. Ж. Лінден почав колекціонувати орхідеї, в основному у Південній Америці. Під час низки подорожей він зробив докладні записи про умови, в яких ці рослини росли у дикій природі[4]. Жан Жюль Лінден написав про орхідеї багато книг.
Під час трьох поїздок, які тривали у цілому близько 10 років, Лінден вивчив безліч раніше невідомих рослин. Іноді він подорожував разом з таким відомим дослідником, як Олександр фон Гумбольдт. Ж. Ж. Лінден зробив значний внесок у ботаніку, описавши багато видів рослин[5].
Жан Жюль Лінден помер у Брюсселі 12 січня 1898 року[4].
Nicole Ceulemans (avec la collaboration de G. Braem et Ronnie Viane): Jean Linden, explorateur, père des orchidées. Bruxelles: Fonds Mercator, Esch-sur-Alzette: Editions Schortgen, 2006, 239 S. ISBN 90-6153-630-8.