У 376 році Елія Флацилла виходить заміж за Феодосія, майбутнього імператора. В цьому шлюбі народжується троє дітей. За віросповіданням Елія була християнкою. У вірі вона підтримувала свого чоловіка. Також вона із власних коштів давала численні пожертви, багато в чому допомагала нужденним. 379 року вона разом з чоловіком перебувала у Константинополі, де Феодосій став імператором. У 384 році Елія Флацилла отримала титул августи, але вже 14 вересня 385 року вона померла. На її честь було побудовано палац у Константинополі. Також встановлені були статуї у сенаті та міській раді міста Антіохія.