Печеру було виявлено в 1878 році Марселіно Сансом де Саутуола, і з тих пір багаторазово ставала об'єктом досліджень археологів. Так, в 1907 році її вивчав відомий учений, дослідник палеолітичного живопису Кантабрії, Алькальде дель Ріо, який разом з Хесусом Карбальо знайшов безліч витворів мобільного мистецтва, у тому числі був знайдений і знаменитий «жезл начальника», що є оленячим рогом з вигравійованим на нім зображенням сарни[2].
Незважаючи на відкриття, зроблені А. дель Ріо і Карбальо, до кінця XX століття печера Ель-Пендо вважалася бідною на археологічні пам'ятки, залишені первісною людиною. Але все змінилося в 1997 році, коли археологи Рамон Монтес і Хуан Сангіно відкрили унікальний «Мальовничий фриз» (ісп.Friso de las Pinturas) Ель-Пендо, що є горизонтальною смугою довжиною 25 м, на якій розташовані численні зображення тварин. Вік малюнків становить понад 20 000 років[1].
