Екстирпація (лат.extirpatio — виривання з коренем) — повне видалення органу з оточуючими тканинами чи додатковими анатомічними структурами (наприклад, екстирпація матки - окрім матки видаляють піхву, яйники та інше).
Інші терміни використовують для описання при видаленні частини органу: резекція (лат.resectio — зрізання, усічення); ексцизія (лат.excisio — вирізування, висічення).
Повне видалення органу виконується, якщо органозберігаюча операція може призвести до рецидиву хвороби або якщо весь орган уражений хворобою, наприклад пухлиною (особливо якщо пухлина — злоякісна). Так само повне видалення органу виконується при гострих або хронічних запаленнях (наприклад тонзиліт), гострий апендицит, гострий холецистит.