В давнину територія сучасної дієцезії Скоп'є входила до складу Архідієцезії Дарданіі, заснованої в IV столітті. З самого початку свого існування дієцезія існувала більше на папері, ніж насправді, про що свідчать тривалі періоди без єпископів. Юрисдикція дієцезії поширювалася на західну частину Балканського півострова. 1656 року Архідієцезія Дарданії була перейменована в архідієцезію Скоп'є, яка перебувала в підпорядкуванні безпосередньо Святого Престолу. Через несприятливі умови, що склалися в Османській імперії для поширення місії Католицької Церкви, багато з її єпископів перебували за межами країни. Це тривало аж до XIX століття.
2 жовтня1969 року Римський папа Павло VI видав буллуAd Ecclesiam Christi, якій об'єднав дієцезію Скоп'є з дієцезією Призрена й дієцезія стала найменувати як дієцезія Скоп'є-Призрен.