Починав кар'єру в «Пролетері» з рідного Зренянина, з яким у першому ж сезоні 1989/90 вийшов у вищу югославську лігу. Двічі зайнявши п'яте місце в чемпіонаті, Деян перейшов у «Воєводину», з якою тричі ставав третім.
По ходу сезону 1995/96 Говедариця перейшов у нідерландський «Волендам», де двічі ледь уникнув вильоту з Ередивізі, а на самому початку сезону 1997/98 змінив клуб на італійський «Лечче». Однак і «вовки» закінчили той сезон провально, вилетівши з Серії A. Сам Деян був там гравцем заміни, зігравши у 21 грі чемпіонату[1].
У сезоні 1998/99 Говедариця повернувся до Ередивізі, де приєднався до «Валвейка», що уникнув вильоту лише в перехідних матчах. Проте, в наступному сезоні команда кваліфікувалася в Кубок Інтертото, де вибула в третьому раунді, повторивши це досягнення і через рік.
З сезону 2002/03 виступав за іншого середняка чемпіонату — «Неймеген», з яким він домігся виступу в першому раунді Кубка УЄФА 2003/04. В останньому для себе сезоні 2004/05 Деян повернувся у «Воєводину», з якою став восьмим в чемпіонаті Сербії і Чорногорії. У тому сезоні команда переживала фінансові труднощі, і, щоб врятувати гравців від голоду, Говедариця організував для них сніданки і обіди у своїй булочній в кредит, а також, серед іншого, приніс в клубний ресторан стокілограмове порося[2]. Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Воєводина» у 2005 році.
Виступи за збірну
24 грудня 1994 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Югославії в товариському матчі з діючими чемпіонами світу — бразильцями, які взяли верх (2:0). 28 грудня 1996 року забив свій перший гол за збірну, завдяки якому в товариській зустрічі була переграна Аргентина (3:2).