Загалом гідрогеологічний цикл складається з двох головних етапів. Їхнє співвідношення в часі може бути різним і значною мірою визначати гідрогеологічні умови різних гідрогеологічних комплексів басейнів та мегабасейнів[1].
Седиментаційний (елізійний) етап — перша частина гідрогеологічного циклу, коли утворюються седиментаційні води. Він починається з часу тектонічного занурення і трансгресії території. У цей час переважає елізійний водообмін та формуються ексфільтраційні водонапірні системи[1]. Седиментаційний етап завершується, коли на значній частині площі району, зайнятого басейном седиментації, відбувається тектонічне підняття, регресія і починається руйнування гірських порід.
Інфільтраційний етап — частина гідрогеологічного циклу, під час якої утворюються інфільтраційні води, які поступово витісняють седиментаційні. Тектонічне занурення змінюється підняттям і початком денудаційних процесів[2]. Інфільтраційний етап завершується, коли нова трансгресія захоплює наземні виходи водоносних порід і починається нагромадження молодих відкладів. У цей час переважає інфільтраційний водообмін та поступове переродження елізійних водонапірних систем в інфільтраційні[1]. Із завершенням цього етапу завершується і весь гідрогеологічний цикл.
Принципова схема циклу може ускладнюватись подрібненням гідрогеологічного району на менші зони зі своїм відмінним ходом процесів. Коли на одних продовжується ще перший етап, а інші вже перейшли в другий, або завершили один цикл і розпочали новий[2].
