Уродженець Ренна, Вільсон є вихованцем академії однойменного футбольного клубу зі свого рідного міста. У сезоні 2017/18 Ізідор виступав за резервну команду, після чого влітку 2018 року підписав контракт із «Монако»[4], де теж став грати за резервну команду.
11 листопада 2018 року дебютував за першу команду у французькій Лізі 1 в матчі проти «Парі Сен-Жермена», вийшовши на заміну на 48 хвилині[5]. Провівши ще по одному матчу в Кубку Франції та Кубку ліги в тому сезоні, з 2019 року Вільсон для отримання ігрової практики здавався в оренду в нижчолігові клуби «Лаваль» та «Бастія-Борго», провівши там по сезону.