Вовковиський район межує з Берестовицьким, Свислоцьким, Мостовським, Зельвенським районом Гродненської області та Пружанським районом Брестської області. В районі розташований 191 населений пункт: 188 сіл, 2 селища міського типу та місто Вовковиськ.
Площа становить 1 192 км² (14-е місце серед районів). Район розташований в межах Волковиської височини. Переважають висоти 140-200 м. Найвища точка - 235,4 м (на схід від міста Вовковиськ).
