До 1996 року команда виступала в чемпіонаті Вінницької області. В сезоні 1996/97 команда стартувала у другій лізі чемпіонату України, замінивши у ній команду «Спортінвест» (Кривий Ріг).[джерело?] В цей період команда з Бершаді стає фарм-клубом головного клубу області вінницької «Ниви». На початку сезону 1998/99 «Нива» (Бершадь) знялася із змагань, і продовжила виступати на аматорському рівні.
У сезоні 2004/05 «Нива» вже з новою назвою ФК «Бершадь» знову стартувала у другій лізі, посівши за підсумками чемпіонату у своїй групі 5-е міце. Але наступний сезон команда розпочала у першій лізі, замінивши у ній команду «Нива» (Вінниця). Однак провела лише 29 турів і знялася із змагань.
Команда повернулася у чемпіонат Вінницької області, також повернула і стару назву ФК «Нива» (Бершадь).