Сучасний музей є наступником Патологічного музею (нім.Pathologisches Museum), організованого Рудольфом Вирховим в 1899 році на основі колекції анатомічних препаратів Патологічного інституту, що Вірхов очолював з моменту створення в 1856 році. Треба відзначити, що вже до приходу Вірхова колекція патологоанатомічних препаратів Шаріте становила 1500 одиниць і над нею працювали такі відомі анатоми того часу, як Роберт Фроріп (учитель Вірхова), який працював в Берлінському університеті з 1833 року прозектором і консерватором[1], Вільгельм Краузе, Йоганн Петер Мюллер та інші.
Будівля Патологічного музею знаходилася на території клініки Шаріте, в тому ж самому місці, де зараз розташовується Музей історії медицини.
Музей історії медицини є одним з підрозділів (інститутів) клініки Шаріте. Знаходиться на території її центральної частини (Мітте).
Музей демонструє розвиток медицини протягом останніх чотирьох століть. Поряд з медичними інструментами, історичними медичним приладами та апаратами, цінними книгами й мікроскопами колекція містить приблизно 900 цінних і рідкісних патологоанатомічних препаратів.
Поряд з постійною експозицією, в музеї періодично проходять змінні виставки, присвячені різним аспектам медицини та історії медицини.
Є загальнодоступним музеєм. Виставкові площі займають чотири поверхи окремого будинку. Число відвідувачів музею — близько 50000 на рік. Як музей історії медицини відкритий в 1998 році.
