У дорослому футболі дебютував 2003 року виступами за «Ланс», в якому провів три сезони, взявши участь у 67 матчах чемпіонату. Більшість часу, проведеного у складі «Ланса», був основним гравцем захисту команди. За цей час допоміг команді виграти Кубок Інтертото.
До складу клубу «Тоттенгем Готспур» приєднався на початку липня 2006 року. За сім сезонів провів у лондонському клубі 155 матчів у чемпіонаті, а також зіграв 12 матчів у Лізі чемпіонів УЄФА. За цей час додав до переліку своїх трофеїв титул володаря Кубка англійської ліги.
В вересні 2013 року перейшов на правах оренди до кінця сезону в «Квінз Парк Рейнджерс». У складі КПР відіграв протягом сезону 27 ігор і допоміг команді вибороти право виступів у Прем'єр-лізі. Повернувшись влітку 2014 до «Тоттенгема», протягом наступного сезону жодного разу на поле в іграх першості Англії не виходив.
Влітку 2015 перейшов до французького «Сент-Етьєна». За рік узяв участь приблизно в половині матчів сезону. За підсумками сезону «Сент-Етьєна» вирішив не продовжувати контракт з Ассу-Екотто.
У серпні 2016 приєднався на правах вільного агента до аутсайдера Ліги 1«Меца». Провівши 18 з 38 матчів у сезоні 2016/17, Бенуа допоміг клубу врятуватися від вильоту. У наступному сезоні він успішно розпочав сезон, однак з 7 січня не виходив на поле через конфлікт з президентом клубу[2]. Влітку 2018 завершив професіональну кар'єру.
Улітку 2019 приєднався до аматорського клубу «Сен-Нікола-лез-Аррас», який виступає в третій регіональній лізі (восьмий дивізіон) та представляє Сен-Нікола, передмістя рідного для Бенуа Арраса[3].
