Будівництво церкви почато під керівництвом Філіппо Кампелло — одного з провідних архітекторів того часу. 3 жовтня1260 мощі святої Клари були перенесені з каплиці Сан-Джорджіо в базиліку Святої Клари, де вони були захоронені у вівтар нового храму.
Могила залишалася прихованою протягом шести століть — як і останки святого Франциска Ассізького — і після довгих пошуків була знайдена 23 вересня1850 року. У тому ж році її розкрили і виявили, що хоч одяг і тіло зітліли до пилу, скелет зберігся у відмінному стані.
29 вересня1872 року, кістки святої були перенесені з великими почестями архієпископом Pecci, потім папаЛев XIII захоронив їх у базиліку, де вони зараз і є. Свято святої Клари відзначається церквою11 серпня. Також святкується дата першого перенесення мощей — 3 жовтня і дата віднаходження тіла — 23 вересня.
