Народився 11 грудня 1919 року в селі Астал, Самалут, мухафаза Мінья в родині селищного голови Шейха Алі Амера. З юних років присвятив себе військовій службі, 1938 року вступив до Військової академії.[4]
У період навчання в академії, а потім служби в Судані, Абдель Хакім Амер зблизився з трьома офіцерами: Гамалем Абдель Насером — майбутнім президентом Єгипту, Закарією Мохі ед-Діном — згодом прем'єр-міністром Єгипту і Анваром Садатом — наступним президентом Єгипту після Насера. У 1942—44 роках вони разом створили підпільну організацію «Вільні офіцери», метою якої стало вигнання британських колонізаторів і повалення єгипетської монархії. Брав участь у арабо-ізраїльській війні 1948—1949 років в одному підрозділі з Гамалем Абдель Насером.[4]
23 липня 1952 року «Вільні офіцери», спираючись на армію, здійснили військовий заколот, відомий як Липнева революція. Абдель Хакім Амер відповідав за блокування Генерального штабу і успішно виконав завдання.
18 червня 1953 року Єгипет був проголошений республікою, посаду президента і головнокомандувача обійняв генерал-майор Мухаммед Наґіб[5]. Генерал Нагіб ліквідував Регентську раду та оголосив про повалення королівської династії.
7 квітня 1954 року генерал-майор Абдель Хакім Амер став головнокомандувачем збройних сил Республіки Єгипет.[5]
19 жовтня 1954 року була підписана Англо-єгипетська угода про виведення англійських військ з Єгипту (остаточно завершено 18 червня 1956 року), після чого Єгипет приступив до формування національних збройних сил, які очолив Амер. В середині листопада 1954 року Амер брав участь разом з міністром у справах президентства Хасаном Ібрагімом в арешті генерала Нагіба і його усуненні з посади президента Єгипту.
29 вересня 1956 року Амер обійняв посаду військового міністра і віце-президента.
Напередодні вторгнення до Синаю, 28 жовтня 1956 року ізраїльські військові вчинили замах, намагаючись знищити Абдель Хакім Амера. Літак, що мав доставити Амера з Дамаску до Каїра був збитий вночі над Середземним морем (Операція «Тарнеголь»). Амер, що залишився у справах в Сирії і повернувся іншим літаком, щасливо уникнув загрози.[6]
Під час Суецької кризи 1956 року Абдель Хакім Амер очолював збройні сили Єгипту і несе разом з Гамалем Абделем Насером відповідальність за провальне керівництво обороною на Синаї та Суеці.[4] У лютому 1958 року в результаті об'єднання Єгипту і Сирії була утворена Об'єднана Арабська Республіка (ОАР). Амер став особистим представником президента ОАР Насера в Сирії і з 1 лютого 1958 року військовим міністром Об'єднаної Арабської Республіки.[5] 20 лютого 1958 року він отримав звання фельдмаршала.
Як особистий друг президента Насера, фельдмаршал Амер обіймав, окрім посад першого віцепрезидента та міністра оборони, ще посади головнокомандувача, голови комісії з ядерної енергії, голови Вищої ради з економіки і голови футбольної федерації. Нагороджений багатьма єгипетськими орденами й медалями.
Визначна кар'єра Амера обірвалася після поразки від Ізраїлю в Шестиденній війні в червні 1967 року. Після падіння Абу-Агейли, Амер наказав усім підрозділам відступити з Синаю, що фактично привело до поразки Єгипту. Незабаром після закінчення Шестиденної війни він був змушений подати у відставку і звільнений з усіх посад.
У серпні того ж року Амер разом з понад 50 єгипетськими військовослужбовцями та двома колишніми міністрами був заарештований, як стверджується, за змову з метою повалення Насера. Його утримували під домашнім арештом на його віллі в Гізі.[4][8]
Згідно з офіційною єгипетською версією, Амер 13 вересня 1967 р. скінчив життя самогубством, прийнявши отруту.[9] Пізніше Радіо Каїру оголосило про поховання Амера в рідному селі Астал. 16 вересня 1967 року газета «Аль-Ахрам» повідомила: «Те, що сталося з Амером, не може закреслити його діяльність в ті роки, коли він був соратником, другом і братом Насера по боротьбі».
2012 року прокуратура за поданням родини Амера розпочала розслідування щодо його можливого вбивства.[9]