Після завершення ходових і інженерних випробувань «Трешер» діяв вздовж східного узбережжя, перш ніж відпливти до Карибського моря і далі до Гавайських островів восени 1941 року. Він повертався на Гаваї з навчального патрулювання 7 грудня, коли командир отримав повідомлення про напад японців на Перл-Гарбор.
Незабаром після атаки Перл-Гарбору підводний човен відплив до Маріанських і Маршаллових островів, здійснюючи розвідку островів Маджуро, Арно та Мілі, а потім вирушив до берегів Гуаму. Повертаючись у порт у лютому 1942 року, підводний човен був випадково атакований літаком ВМС США, що летів над ним, але не отримав жодних пошкоджень унаслідок інциденту.
Під час свого третього патрулювання «Трешер» патрулював поблизу Японських островів, його екіпажу було доручено збирати дані про метеообстановку для оперативної групи адмірала Вільяма Голсі (авіаносці «Ентерпрайз» і «Хорнет»), яка наближалася до Японії. На борту «Хорнета» перебувало 16 середніх бомбардувальників B-25 «Мітчелл»армії США під командуванням підполковникаДжеймса Х. Дуліттла, який мав намір атакувати Токіо 18 квітня. Саме під час цього підводний човен здійснив свою першу атаку, потопивши японське вантажне судно «Садо-Мару» біля узбережжя Йокогами. Через кілька місяців, під час свого четвертого патрулювання, «Трешер» зіткнувся з іншими ворожими суднами, одне з яких намагалося захопити американський корабель. Після втечі почалася перестрілка.
П'яте та шосте патрулювання «Трешер» відбулися в Сіамській затоці та Яванському морі, під час яких він встановив одне з перших морських мінних загороджень, встановлених підводним човном на Тихоокеанському театрі війни. 29 грудня 1942 року він, ймовірно, потопив 3000-тонний японський вантажний корабель, зробивши вісім пострілів зі своєї основної гармати. Якщо це правда, це зробило б японське судно одним із небагатьох, яке було повністю потоплено за допомогою палубних гармат.
Під час свого сьомого патрулювання у Фрімантлі «Трешер» зустрів японську підводний човен класу I-65. Відбувся обмін торпедами, але жодний корабель не постраждав. У березні 1943 року американська субмарина досягла свого найбільшого успіху, потопивши танкер водотоннажністю 5232 тонни.
«Трешер» виконував навчальні стрільби поблизу атолу Еніветок і Перл-Гарбора, коли закінчилася Друга світова війна. Разом із «Тамбор», «Таутог», «Тюна» і «Гар», «Трешер» був одним з п'яти підводних човнів типу «Тамбор», які пережили конфлікт. У грудні 1945 року підводний човен списали. Протягом своєї служби він отримав 15 бойових зірок і подяку за похвальну службу частині ВМС, що зробило його найбільш нагородженим американським підводним човном Другої світової війни.
6 лютого 1946 року «Трешер» був повторно введений в експлуатацію для використання як мішень під час випробування атомної бомби на атолі Бікіні в Тихому океані. Однак під час реконструкції було вирішено, що човен надто зношений та не підлягає ремонту, і роботи були припинені. 12 липня 1946 року «Трешер» був остаточно виведений з експлуатації. 23 грудня 1947 року його було вилучено з реєстру військово-морських суден, а 18 березня 1948 року продано на металобрухт Максу Сігелю з Еверетта, штат Массачусетс.
↑ абBauer, K. Jack; Roberts, Stephen S. (1991). Register of Ships of the U.S. Navy, 1775—1990: Major Combatants. Westport, Connecticut: Greenwood Press. pp. 271—280. ISBN 978-0-313-26202-9.
Friedman, Norman (1995). U.S. Submarines Through 1945: An Illustrated Design History. Annapolis, Maryland: United States Naval Institute. pp. 285—304. ISBN 1-55750-263-3.
Lenton, H. T. American Submarines (Navies of the Second World War) (Doubleday, 1973), ISBN 0-38504-761-4
Bauer, K. Jack; Roberts, Stephen S. (1991). Register of Ships of the U.S. Navy, 1775—1990: Major Combatants. Westport, Connecticut: Greenwood Press. pp. 270—280. ISBN 978-0-313-26202-9. OCLC 24010356.