З 1939 по 1940 рік «Аргонот» служив у навігаційній школі французького флоту. Під час служби там Друга світова війна почалася вторгненням нацистської Німеччини до Польщі 1 вересня 1939 року, а 3 вересня 1939 року Франція вступила у війну. 10 травня 1940 року почалася битва за Францію, а 10 червня 1940 року Італія оголосила війну Франції та приєдналася до вторгнення. Битва за Францію завершилася поразкою Франції та підписанням 22 червня 1940 року перемир'я з Німеччиною та Італією. Коли перемир'я набуло чинності 25 червня 1940 року, «Аргонот» базувався в Тулоні у складі 19-ї дивізії підводних човнів разом з підводними човнами «Галаті», «Наяд» і «Сирен».
Після перемир'я в червні 1940 року «Аргонот» служив у військово-морських силах Франції Віші. Згідно з умовами перемир'я 17 грудня 1940 року його передали під охорону без зброї та без палива разом з підводними човнами «Архімед», «Аурор», «Ла Вестале», «Султан», «Аретуз», «Ореад» і «Псифі».
У червні 1941 року «Аргонот» було відновлено та повернуто до сил флоту. До грудня 1941 року він базувався в Орані у Французькому Алжирі у складі 12-ї дивізії підводних човнів разом з підводним човном «Діан».
8 листопада 1942 року війська союзників висадилися у Французькій Північній Африці в ході операції «Смолоскип». О 02:50 того ранку «Аргонавт» і підводні човни «Актеон» і «Френель» 5-ї дивізії підводних човнів отримали наказ вирушити на перехоплення ворожих сил, щоб протистояти вторгненню. «Аргонот» вийшов о 03:15. Прямуючи на схід від Орана, він помітив британський авіаносець «Ф'юріос» у другій половині дня 8 листопада. Перш ніж французький човен встиг атакувати «Ф'юріос», британський есмінець «Акейтіз» побачив субмарину о 15:17. Або «Акейтіз», або есмінець «Весткотт» або обидва потопили «Аргонот» о 15:31 із загибеллю всього екіпажу з 43 осіб. Велика кількість уламків піднялася на поверхню після затоплення.
