Попри те, що Алнашетрі був целурозавром, як показує фрагментарна природа голотипного скелета, йому не вистачає синапоморфій, які дозволили б однозначно віднести до певної клади целурозаврів. Тому його філогенетичне положення було спочатку перевірено в кладистичній матриці, яка використовувалася для широкого вивчення взаємозв'язків целурозаврів. Цей попередній аналіз показав, що Alnashetri гніздиться в Alvarezsauroidea. До матриці було додано вісім символів, пов'язаних з Alnashetri або стосунками з альварезавридами, а також чотири нещодавно описані альварезавроїди. У цьому аналізі Alnashetri було виявлено як базальний альварезаврид, у політомії з іншими альварезавридами з басейну Неукен[en]. Докази, що підтверджують цей зв'язок, походять із детальної анатомії щиколотки, однак така концентрація підтримки характеру в одній анатомічній області може створити хибні результати. Наведена нижче кладограма показує філогенетичне положення Alnashetri серед інших альварезаврид за Маковицьким, Апестегією і Джанекіні (2012)[1].
↑ абMakovicky, P. J.; Apesteguía, S. N.; Gianechini, F. A. (2012). A New Coelurosaurian Theropod from the La Buitrera Fossil Locality of Río Negro, Argentina. Fieldiana Life and Earth Sciences. 5: 90—98. doi:10.3158/2158-5520-5.1.90. S2CID129758444.