У березні 2008 року військова частина А0669 була виведена зі штату бригади берегової оборони і передана безпосередньо в пряме підпорядкування Центру військ берегової оборони — заступникові командувача Військово-морських Сил з берегової оборони.
У 2013 році у рамках загальнодержавного реформування Збройних сил було прийнято рішення про формування на базі 501-го окремого механізованого батальйону військ берегової оборони батальйону морської піхоти з дислокацією у місті Керч. Планувалося, що у складі буде розвідувальний взвод, а роти будуть розгорнуті до 94 чоловік. Також планувалося розформувати снайперську роту, яка була у механізованому батальйоні, а її особовий склад мав доукомплектувати інші підрозділи частини. По технічному оснащенню планувалося, що з БТР-70 батальйон переукомплектують на БТР-80, а одну роту планували укомплектувати сучасними українськими БТР-4. За планом батальйон морської піхоти на основі 501-го батальйону мав бути сформований 31 грудня2013 року, але переформатування відбулося дещо раніше.
26 грудня 2013 року на центральній набережній Керчі військовослужбовці 501-го окремого механізованого батальйону військ берегової оборони ВМС ЗС України склали клятву морського піхотинця. У зв'язку з реформуванням колишній окремий механізований батальйон берегової оборони отримав не лише нові штати, але й нову назву — 501-й окремий батальйон морської піхоти ВМС України.[1]
6 березня військовослужбовці провели на території частини концерт просто неба для підняття бойового духу[3].
14 березня керченські морпіхи зіграли футбольний матч з російськими окупаційними військами і впевнено розгромили росіян з рахунком 4:0[4].
20 березня на території військової частини 501-го окремого батальйону морської піхоти ВМС України було піднято російський прапор[5].
Після анексії Росією Криму лише 58 військовослужбовців батальйону з 308-ми вирішили продовжити службу у збройних силах України. Згодом до них приєдналися ще 6 побратимів[6]. Більшість військовослужбовців разом з командиром підполковником Олександром Саєнком зрадила присягу народу України, набула російського громадянства й поповнила лави ВМФ Російської Федерації[7].
26 серпняМіністерство оборони Російської Федерації замість військової частини А0669 сформувало 3-й колійний залізничний батальйон, куди набирають військовослужбовців за контрактом і відправляють служити військових з Росії. Колишніх українських морських піхотинців перевели у різні регіони Росії[9][10].
Згодом із залишків 1-го і 501-го батальйонів морської піхоти та поповнення з контрактників у ВМС України було створено 1-шу бригаду морської піхоти імені Костянтина Ольшанського[11][12].
У 2015 році шляхом переформування 36-ї окремої бригади берегової оборони була сформована 36-та окрема бригада морської піхоти і 501-й окремий батальйон увійшов до її складу.
В 2016 році батальйон було передислоковано до Бердянська[13].
З кінця липня 2015 року батальйон виконує бойове завдання в зоні АТО ОТУ «Маріуполь» по обороні рубежів в районі селищ Широкино та Лебединське. За час участі в АТО на Сході України втрати батальйону склали — 9 військовослужбовців[14]
За час свого існування особовий склад батальйону взяв участь у таких широкомасштабних навчаннях: «Чисте небо» (2006 рік), «Артерія» (2007 рік), «Морський вузол» (2008 рік), «Адекватне реагування» (2011 рік), «Перспектива» (2012 рік).
Російське вторгнення в Україну (2022)
В ході російського вторгнення 501 ОБМП брав участь в обороні Маріуполя. На початку квітня половина батальйону потрапила в полон.[15][16] В січні-лютому 2023 року відновлений батальйон брав участь в боях на Донецькому напрямку.[17][18][19]
У червні 2024 року батальйон бере участь в боях за Вовчанськ.[20]
