Першу письмову згадку віднайдено у польських документах і вона датується 1472 роком. Місцеві мешканці часто міняли власників — почергово село належало Даниловичам, Стоїцькім, Садовським, Виджґам і Прушинським, котрі продали його Браницьким з Любомля. У 1850 році маєток, як і всю решту володінь Браницьких, конфіскувала, а згодом і поділила а рська влада.
Цінною пам'яткою с. Штунь[1] є барокова церква Іоана Богослова 1777 року з дзвіницею-брамою. Сама будівля церкви є рідкісним поєднанням хрестово-купольної та базилікової композиції. Фасад споруди прикрашає ефектний портал, а у багатій внутрішній декорації збереглися фрески XVIII ст. у формі медальйонів і олійний живопис кінця XIX ст. Цей храм є унікальним пам'ятником волинської архітектурної школи і займає важливе місце серед культових споруд Правобережної України 18 століття.
Перша світова війна завдала значних втрат селянам. Більшість з них змушені були залишити село і протягом 1915—1921 років перебувати в важких умовах біженців. У 1921 році Волинь увійшла у склад Польщі. Відразу на території села виникло кілька польських колоній осадників: Королівська колонія (тридцяти семи польських хат і п'яти українських), Військова штунська колонія (7 господарств поляків), чимало поляків поселилось і по штунських хуторах. Поляки і українці до війни жили дружно, ходили одне до одного в гості, усіляко одне одному допомагали.
У вересні 1939 року в село прийшла радянська влада. Було створено колгосп, сільську раду, реорганізовано школу.
На початку Другої світової війни село не зазнало значних руйнувань. Найбільша трагедія розігралась навесні 1944 року в селі Штунь Любомльського району, коли 53 ні в чому не винних людей замордували в урочищі Берестина солдати Армії Крайової за мовчазної згоди німців. Під час відступу фашисти повністю спалили село. Штунь було визволено 19 липня 1944 року. Чимало його мешканців були мобілізовані в радянську армію. Близько 65 жителів Штуня загинули на фронтах Другої світової війни. Понад 70 ветеранів повернулись додому. Сьогодні живими залилось лише двоє.
У 1945 році розпочалось створення в селі Штунь колгоспу ім. М. Хрущова, який в 1948 році перейменували в колгосп ім. Леніна. У 1995 році колгосп ім. Леніна був реорганізований у КСП «Колос», а у 1999 році — в СГВК «Колос». У 2008 році СГВК «Колос» викупили інвестори.
В селі діє загальноосвітня школа І-ІП ступеня, дитячий садок, медпункт, будинок культури, бібліотека, відділення зв'язку, 4 магазини. Працює СГВК «Колос» і одне фермерське господарство.
Штунь // Історія міст і сіл Української РСР : у 26 т. / П.Т. Тронько (голова Головної редколегії). — К. : Головна редакція УРЕ АН УРСР, 1967 - 1974. — том Волинська область / І.С. Клімаш (голова редколегії тому), 1970 : 747с. — С.516
